مرحله‌ی دوم: تحصیلات متوسطه
در مرحله‌ی دوم طلبه برای تحصیل کتاب‌های استدلالی در اصول، فقه و فلسفه خود را وقف می‌کند.
روش تدریس در این مرحله به این صورت است که روی کتابی مخصوص این فن و یا آن فن دیگر اتفاق حاصل می‌کنند، سپس استاد مقطعی از کتاب را با شرحی واضح و روشن ارائه می‌دهد که همه‌ی گنگی و مسایل پیچیده‌ی آن را برطرف می‌نماید، سپس نقدهایی که روی آن صورت می‌گیرد، عرضه می‌دارد و بعد از آن به تعلیقات طلبه روی آن مقطع گوش فرا می‌دهد، استاد نیز در صورت لزوم، به تصحیح آراء و نظریات آن‌ها می‌پردازد و اگر آراء و نظریات آن‌ها را بپسندد آن را تأیید می‌نماید و بدان قناعت می‌کند.
این مرحله تحصیلاتی به عنوان مرحله‌ی استدلالی نامیده می‌شود.
و از جمله کتاب‌هایی که در این مرحله تدریس می‌شود عبارتند از: