ترتیب صحیح بخاری:
امام بخاری کتاب صحیح را به کتب، و کتب را ابواب مختلف تقسیم نموده است، کتاب صحیح بخاری شامل ٩٧ کتاب و۳۴۵۰ باب می‌باشد.
امام کتابش را به کتاب (بدء الوحی) آغاز کرده، سپس کتاب ایمان، بعد کتاب طهارت، آنگاه نماز، بعدش زکات، سپس روزه، بعد حج ذکر نموده است. سپس کتاب بیوع (معاملات) را آورده، بعد از معاملات مرافعات: شهادات، صلح، وصیت، وقف، وجهاد، ذکر کرده است.آنگاه برخی ابواب غیر فقهی مانند: آغاز آفرینش، داستان زندگی پیامبران، بهشت و دوزخ، سپس مناقب قریش و فضیلت اصحاب پیامبر ذکر کرده است.
بعد از آن سیرت و غزوه‌های پیامبرص آورده، و بعد از آن کتاب تفسیر ذکر نموده است.
سپس به فقه برگشته و کتاب نکاح، طلاق، و نفقه ذکر کرده، سپس کتاب خوراکی‌ها، بعد نوشیدنی‌ها، و بعد از آن کتاب طب، سپس کتاب ادب، و استئذان (اجازه) ذکر کرده، سپس کتاب نذور و کفارات، بعد کتاب حدود آورده، و سپس کتاب تعبیر خواب، و بعد کتاب فتن، بعد کتاب اعتصام به کتاب و سنت ذکر نموده و در اخیر با کتاب توحید کتابش را به پایان رسانده است.
گفتنی است که برحسب اختلاف نسخه‌های صحیح بخاری، در تقدیم و تأخیر برخی کتب و ابواب اختلاف وجود دارد.
امام بخاری گاهی در یک باب حدیثی را بصورت مختصر ذکر می‌کند سپس در جای دیگر همان حدیث را بصورت کامل و مطول می‌آورد، و برخی از احادیث را برای استدلال مسائل فقهی در جاهای مختلف تکرا می‌نماید که این خودش نمایانگر دانش و فقه امام بخاری است.
همچنین در صحیح بخاری احادیثی بصورت معلق آورده شده است، و در اصطلاح محدثین حدیث معلق به احادیثی می‌گویند که از ابتدای سندش، یک راوی یا بیشتر حذف شده باشد.
امام حافظ ابن حجر عسقلانی شارح صحیح بخاری می‌نویسد: احادیث معلق در صحیح بخاری به دو بخش تقسیم می‌شوند:
۱) احادیث معلقی که امام بخاری آن‌ها را در ابواب دیگر از همین کتاب صحیح به صورت مسند وموصول آورده است (که تعدادشان ۱۱۸۱ حدیث می‌باشد).
۲) احادیث معلقی که در ابواب دیگر به صورت موصول و مسند نیامده است (وتعداد آن‌ها ۱۶۰ حدیث می‌باشد) و خود این بخش به دو دسته تقسیم می‌شود:
۱- آنچه که با صیغه جزم (مانند: قال و روی) آورده، ـ که این روایات به آن کسانی که نسبت داده شده صحیح است، ـ بنابراین برخی از آن‌ها بر شرط خود بخاری، و یا کمتر از شرط وی هستند، و ممکن هست نزد دیگران صحیح و یا حسن باشد.
و همچنین احتمال ضعف نیز وجود دارد.
۲- آنچه با صیغه‌ی تمریض (مانند: قیل روی) آورده است که این نوع روایات ممکن است صحیح یا حسن باشند هرچند که بر شرط بخاری نیستند، و ممکن است ضعیف باشند.
و قابل ذکر است که احادیث معلق جز اصل کتاب به شمار نمی‌آید، بلکه امام بخاری این‌ها را برای استشهاد یا توضیح حدیث و یا ترجیح حدیثی بر حدیث دیگر آورده است.
امام ابن صلاح در کتاب «مقدمه‌ی علوم حدیث» تعداد احادیث صحیح بخاری ٧۲٧۵ حدیث (با تکرار) و بدون تکرار ۴۰۰۰ هزار حدیث ذکر نموده و امام محیی الدین نووی نیز در کتاب «تقریب» از همین رای تبعیت نموده است.
اما حافظ ابن حجر عسقلانی از آنجائی که صحیح بخاری را شرح داده است، یک شمارش دقیق‌تری ارائه نموده است.
وی می‌گوید: تمام احادیث بخاری با تکرار٧۳٩٧ حدیث می‌باشند، و تمام احادیث معلق در صحیح بخاری ۱۳۴۱ حدیث است که بیشتر تکراری هستند، و تمام روایات معلق مرفوعی که در جاهای دیگر کتاب با سند موصول ذکر نشده ۱۶۰ حدیث است که آن‌ها را در کتاب «تغلیق التعلیق» با اسناد متصل آورده‌ام، و تعداد متابعات در صحیح بخاری ۳۴۱ حدیث می‌باشد.
بنابراین تمامی احادیث بخاری با شمارش احادیث مکرر ٩۰۸۲ حدیث می‌باشند.