مختار در سال ۶۰ هجری
در سال ۶۰ هجری قمری واقعهی کربلا رخ داد و منجر به شهادت حسین ین علی و گروهی از یاران و خاندانش شد. حسین قبل از اینکه رهسپار کوفه گردد پسر عمویش مسلم بن عقیل را جهت گرفتن بیعت از مردم کوفه به آنجا فرستاده بود، مختار از مسلم بن عقیل استقبال کرد و او را در منزل خود جای داد، والی کوفه در آن زمان نعمان بن بشیر انصاری یعنی پدر خانم مختار ثقفی بود، یزید بن معاویه او را عزل کرده و عبیدالله بن زیاد را والی کوفه نمود، عبیدالله بن زیاد مسلم بن عقیل را کشت، و تمام هواداران علی بن ابیطالب را مجازات میکرد من جمله کسانی که با مسلم بن عقیل بیعت کرده بودند. و هنگامی که به عبیدالله بن زیاد خبر رسید که مختار ادعای خونخواهی مسلم بن عقیل را میکند او را دستگیر نمود و با نیزهای که در دست داشت چمشش را بیرون آورد، و او را زندانی کرد، و تا وقتی که حسین بن علی به شهادت رسید زندانی بود، سبب خروج از زندانش فرستادن شخصی به نزد عبد الله بن عمرببود تا نزد یزید بن معاویه شفاعت کند و او را آزاد کند، عبد الله بن عمر شوهر خواهر مختار بود، عبد الله بن عمرباین کار را انجام داد و یزید نیز به عبیدالله بن زیاد دستور داد تا او را آزاد سازد، هنگام آزاد شدنش عبیدالله بن زیاد به مختار گفت: اگر بعد از سه روز تو را در کوفه یافتم گردنت را میزنم.
مختار پس از آزادی بهسوی حجاز رهسپار شد، و در حجاز میگفت که انگشتان عبیدالله بن زیاد را قطع خواهد کرد، و ادعا میکرد که در مقابل خونخواهی حسین بن علی به تعداد کسانی که در خونخواهی یحیی بن زکریا کشته شدهاند خواهد کشت، اینجا بود که مختار با عبدالله بن زبیرس بیعت نمود، و یکی از بزرگترین امرای او گشت، و هنگامی که حصین بن نمیر همراه شامیان عبدالله بن زبیر را محاصره نمود مختار به شدت از عبدالله بن زبیرس دفاع نمود، و به خوبی در کنار او ایستاد، و مختار یکی از شدیدترین انسانها بر اهل شام شد، اهل کوفه با هم اتفاق کرده بودند که از عبدالله بن زبیر اطاعت کنند، و مختار نیز هنگامی که با عبدالله بن زبیر بیعت کرده بود این شرط را از او گرفته بود که والی عراق گردد، ولی طولی نگذشت که بیعتش با عبدالله بن زبیر را نقض کرد و به کوفه بازگشت، و در بین راه به هر آبادی که میرسید بر آنها وارد میشد و به آنها سلام میکرد و بشارت نصرت و پیروزی را به آنها میداد و میگفت: آنچه را که دوست دارید در راه است، عبیده بن عمرو البدئی شخصی از قبیلهی کنده و اسماعیل بن کثیر و گروه زیادی از شیعهی کوفه با مختار بیعت کردند.
عبدالله بن زبیر شخصی به نام ابراهیم بن محمد بن طلحه و عبدالله بن یزید الخطمی را بر کوفه گمارد، آن دو مختار را گرفتند و زندانی کردند، تا مبادا با لشکر توابین که زیر نظر سلیمان بن صرد الخزاعی رهبری میشد رفت و آمدی داشته باشد. مختار درحالیکه در زندان بود میگفت: قسم به پروردگار دریاها و درختان نخل و دیگر درختان و پستی و بلندیها و ملائکهی ابرار و بهترین انسانها تمام انسانهای جبار و متکبر را با شمشیر برنده خواهم کشت، با همراهی کسانی که یاریگر من هستند و آنها پست و فرومایه و ترسو نیستند تا اینکه ستون دین را برپا سازم، و گرفتاریهای مسلمین را برطرف سازم، و باعث خوشنودی مومنین گردم، و خونبهای پیامبران را خواهم گرفت، پایان یافتن دنیا برای امر بزرگی نیست، و اگر مرگ فرا رسید ترسی از آن ندارم.
بعد از کشته شدن سلیمان بن صرد و جمعی از لشکر توابین باقی ماندهی لشکر به کوفه بازگشت، مختار برای آنها از زندان پس از تعریف و تمجید از آنها و آرزوی پیروزی برایشان چنین نوشت: من از طرف محمد بن الحنفیه برادر حسین بن علی دستور دارم تا به دنبال قصاص کردن قاتلین حسین بن علی باشم، نوشتهی مختار توسط رفاعه به شداد و مثنی بن مخربه العبدی و سعد بن حذیفه بن الیمان و یزید بن انس و احمر بن شمیط الأحمسی و عبدالله بن شداد البجلی و عبدالله بن کامل خوانده شد، پس از اینکه نامه را خواندند عبدالله بن کامل را نزد مختار فرستادند، و به او گفتند: ما سر به فرمان تو هستیم، اگر میخواهی حتی میتوانیم تو را از زندان بیرون آوریم، مختار خوشحال گشت و گفت: من همین روزها از زندان بیرون خواهم آمد.
مختار برای بار دوم نامهای به شوهر خواهرش عبدالله بن عمربنوشت و از ایشان درخواست نمود تا نزد عبدالله بن زبیر شفاعتش کند تا او را از زندان آزاد سازد، عبدالله بن عمر نیز چنین کرد و عبدالله بن زبیر دستور آزادی مختار را از زندان کوفه صادر نمود، سپس عبدالله بن زبیر شخصی به نام عبدالله بن المطیع را والی کوفه ساخت، عبدالله بن المطیع نیز شخصی به نام ایاس بن آبی مضارب العجلی را رییس پلیس کوفه نمود. عبدالله بن المطیع قصد داشت تا مختار را دوباره زندانی کند، او شخصی به نام زائده بن قدامه را مامور کرد تا مختار را دستگیر کند، زائده پسر عموی مختار بود، و مختار را از نیت و قصد عبدالله بن مطیع آگاه ساخت، مختار خود را به مریضی زد، و حاضر نشد نزد عبدالله بن مطیع برود، بعد از آن عبدالرحمن بن شریح و سعید بن منقذ الثوری و سعر بن أبی الحنفی و الأسود بن جراد الکندی و قدامه بن مالک الجشمی به نزد محمد بن الحنفیه رفته تا به او اطلاع دهند که مختار خواهان نمایندگی خویش توسط محمد بن الحنفیه برای خونخواهی برادرش حسین بن علی است، هنگامی که آنها به نزد محمد بن الحنفیه آمدند او را از وضعیت مختار آگاه ساختند و وضعیت را برایش شرح دادند و از او خواستند که این وکالت را به مختار بدهد، محمد بن الحنفیه در پاسخ گفت: قسم به الله در مورد خونخواهی برادرم همیشه آرزو داشتم که الله متعال توسط یکی از بندگانش ما را نصرت و یاری دهد، و اگر محمد بن الحنفیه راضی به چنین کاری نبود رضایت نمیداد و میگفت: خیر چنین کاری را نکنید.
بعد از این ماجرا گروه زیادی از شیعه با مختار بیعت کردند، سپس ابراهیم بن الأشتر النخعی که به شجاعت و دلیری شهرت داشت با مختار بیعت کرد، و بعد از آن پیروان مختار متفق شدند که شب پنج شنبه چهاردهم ربیع الأول سال ۶۶ هجری دست به تظاهرات بزنند و همین کار را نیز انجام دادند، و اینجا بود که شعار مختار با عنوان «یا لثارات الحسین» در تمام کوفه طنین انداخت، عبدالله بن مطیع والی کوفه توسط عبدالله بن زبیر از کوفه اخراج شد و مختار حکومت کوفه را بر عهده گرفت.
مختار به کار خویش جهت خونخوای حسین بن علی ادامه داد و شعار «یا لثارات الحسین» را سر داد، و از طرف محمد بن علی بن ابیطالب معروف به محمد بن الحنفیه وکالت داشت تا این کار را به پایان برساند، اینجا بود که مختار اغلب کسانی که در جنگ با حسین بن علی بن ابیطالب شرکت داشتند را به کشتن داد، که از معروفترین آنها عمر بن سعد و شمر ذی الجوشن و عبیدالله بن زیاد و حرمله بن کاهل الأسدی و عبدالرحمن بن سعید بن قیس الکندی، و سنان بن أبی أنس، و خولی بن یزید الأصبحی و الحصین بن نمیر بودند.
شمر بن ذی الجوشن بعد از اینکه با مختار اعلام جنگ کرد از کوفه گریخت، و بهسوی بصره رفت، جایی که در آن مصعب بن زبیر سکونت داشت. شمر به روستایی به نام علوج رسید، غلامش را با نامهای بهسوی مصعب بن زبیر فرستاد و او را از آمدنش و مکان وجودش آگاه ساخت، ولی شخصی به نام کیان ابو عمره که از افسران لشکر مختار ثقفی بود غلامش را در بین راه یافت و از ماجرا اطلاع یافت و به سمت مکان وجود شمر حرکت کرد، هنگامی که به روستای علوج رسید شمر با شمشیرش به استقبال کیان ابو عمره آمد تا با او بجنگد، و این قدر جنگید تا اینکه کشته شد و سرش توسط کیان ابو عمره از تن جدا شد، و سر شمر را برای مختار ثقفی به کوفه فرستاد.
مختار شخصی به نام عبدالله بن کامل الشاکری که یکی از نگهبانانش بود به منزل خولی بن یزید الأصبحی فرستاد، او نیز منزل خولی را مورد هجوم قرار داد، زن خولی از منزل خارج شد، آنها از زنش سراغ خولی را گرفتند، گفت: نمیدانم کجاست، ولی با دستش اشاره به مخفی گاهش نمود، و از روزی که خولی بن یزید سر حسین را به نزد زنش آورده بود از او بیزار شده بود، و همیشه او را به دلیل همین کارش ملامت میکرد، اسم این زن العبوق بنت مالک بن نهار بن عقرب الحضرمی بود، لشکر عبدالله بن کامل الشاکری وارد منزل شدند و او را در حالی یافتند که زنبیلی بافته شده از برگ درخت نخل را بر سر کشیده بود، او را دستگیر کرده و به نزد مختار آوردند، مختار نیز دستور داد تا او را نزدیکی منزلش بکشند و پس از آن جسدش را آتش بزنند.
وقتی مختار بر کوفه شورید عمر بن سعد بن ابی وقاص یکی دیگر از اشخاصی که در قتل حسین بن علی شرکت کرده بود به شخصی به نام عبدالله بن جعده بن هبیره که دوست مختار و از نزدیکانش از طرف علی بن ابیطالب بود پناه آورد، این شخص نیز به نزد مختار آمد و برای عمر بن سعد امان نامهای از مختار گرفت به این مضمون که او جانش و خانوادهاش و مالش در امان باشد تا زمانی که از دستورات مختار پیروی کند و در شهر بماند و خارج نشود و آشوب دیگری به پا نکند، ولی مختار نیت کشتن او را داشت، و وقتی که عمر بن سعد از این ماجرا اطلاع یافت شبانه از منزلش خارج شد و به سوی مصعب یا عبیدالله بن زیاد حرکت نمود، برخی از هواداران مختار موضوع را به او اطلاع داد، مختار گفت: چه بلوا و آشوبی بالاتر از این؟ گفته میشود: غلام عمر بن سعد این خبر را به مختار رسانده است، مختار به عمر بن سعد گفت: از منزلت خارج میشوی؟ برگرد، عمر بن سعد نیز برگشت، پس از چند شب مختار به یارانش گفت: فردا انسانی که دو پای بزرگ دارد، و چشمهایش فرو رفته است، و ابروهایش پرپشت است، خواهم کشت، شخصی که مومنین و ملائکهی مقربون به کشته شدنش خوشحال میشوند.
هیثم بن الأسود در آن مجلس حاضر بود، و متوجه شد که مختار نیت کشتن عمر بن سعد را دارد، او نیز پسرش را بهسوی عمر بن سعد فرستاد و او را از خطر آگاه ساخت، عمر گفت: چگونه مختار نیت کشتن مرا دارد در صورتی که به من عهد و پیمان داده است؟ مختار کیان ابو عمره را جهت دستگیری عمر بن سعد فرستاد، عمر خواست که از او فرار کند ولی او را درحالیکه جبهای بر تن داشت یافت، ابو عمره اینقدر با شمشیر او را زد تا اینکه او را کشت، و سرش را در پایین قبایش پوشید و آورد به محضر مختار.
مختار لشکری که در کوفه داشت به رهبری ابراهیم بن الأشتر النخعی بهسوی عبیدالله بن زیاد فرستاد تا با او بجنگد، لشکر مختار به موصل رسید تا در آنجا با لشکر شام رویارو شود، دو لشکر در نزدیکی رودی به نام الخازر با هم رو در رو شدند، و پس از جنگی سخت و شدید لشکر کوفه به رهبری ابراهیم بن الأشتر النخعی پیروز شد، پس از پیروزی ابراهیم به لشکرش گفت: من شخصی را کشتم که از او بوی مسک میآمد، دستانش رو به شرق قرار دادم و پاهایش رو به مغرب، و او را زیر یک پرچم بر ساحل رود خازر رها کردهام. وقتی به سمت او رفتند دیدند که شخص مقتول عبیدالله بن زیاد میباشد، سرش را از تن جدا کردند و به کوفه برای مختار فرستادند، این اتفاق سال ۶۶ هجری رخ داد.