مختار از دیدگاه کتب شیعه

نوبختی از علمای شیعه در کتاب خود «فرق الشیعة» بهنگام ذکر فرقه‌ی کیسانیه که منسوب به مختار کذاب است می‌نویسد: و گروهی معتقد به امامت محمد بن حنفیه فرزند علی بن ابی‌طالب شدند که در روز بصره (جنگ جمل) پرچمدار پدرش بود. جدا از دو برادرش (حسن و حسین) و علت نامگذاری این گروه به کیسانیه این بود که رئیسشان مختار بن ابی‌عبید ثقفی بود که کیسان لقب داشت، و او همان کسی است که به خونخواهی حسین برخاست و از قاتلان او انتقام گرفت، و ادعا می‌کرد محمد بن حنفیه او را به این کار امر نموده است و امام و جانشین پدرش می‌باشد، و گفته شده سبب ملقب شدن مختار به کیسان این بوده که رئیس لشکرش کیسان نام داشت، و در قول و عمل و قتل از مختار تندروتر بود، و ادعا می‌کرد که محمد بن حنفیه وصی و جانشین علی بن ابی‌طالب می‌باشد و مختار نائب اوست و پس از آن ادعا می‌کرد که از جانب خدا به مختار وحی می‌شود.

عبدالحسین زرینکوب از روشنفکران معاصر شیعه در کتاب خود بامداد اسلام می‌نویسد:

گویند مختار یک روز در کوفه همراه مغیره بن شعبه مى‌رفت مغیره وقتى انبوه جمعیت مردم را در سرراه دید گفت من سخنى مى‌شناسم که با آن مى‌توان همه مردم خاصه عجم را همدست و همراه کرد مختار پرسید که آن سخن چیست؟ گفت کمک به اهل بیت و خونخواهى آن‌ها. مختار از آن پس سعى کرد از این وسیله براى ارضاء میل ریاستجویى و قدرت طلبى خویش استفاده کند. از اینرو بعد از آن که سعى بیهوده کرد تا در خدمت ابن زبیر والى عراق وارد شود و نشد خود را در پیشاپیش نهضت شیعه و بقایاى توّابین کوفه قرار داد. این مختار مردى بود ماجراجو و حیله‌گر. در آغاز یک چند از خوارج بود بعد به عبداللّه بن زبیر پیوست و آخر شیعه شد. خونخواهى از قاتلان حسین را بهانه‌یى کرد براى جلب ناراضی‌هاى عراق. دعوت خود را نیز در زیر نقاب نام محمد حنفیه که بعد از واقعه کربلا دعوتش کاملا سرّى شده بود عنوان مى‌کرد. با این همه دعاوى دیگر هم داشت و از وحى و غیب نیز سخن مى‌گفت. به یاران خویش که بسیارى از آن‌ها موالى عجم بودند چنان فرا مى‌نمود که در جنگ فتح نهایى با آن‌هاست و حتى در صورت ضرورت فرشتگان خداوند -به صورت کبوتران- به یارى آن‌ها خواهند آمد. گویند این کبوتران را هم خود شب نهانى به سرداران خویش مى‌داد و مى‌سپرد تا وقتى در هنگام جنگ حس مى‌کنند که نزدیک است مغلوب آیند آن‌ها را رها کنند. پرواز آن‌ها البته هم مختار را از وضع جنگ آگاه مى‌کرد و او را به فکر چاره جویى مى‌انداخت هم لشکریان را دل مى‌داد.