و اما بیماری‌های قلب و روح دو نوع می‌باشد:
یکی مرض شبهه و شک است، دومی مرض شهوت و گمراهیست، و اللهﻷامراض قلبی را مفصلاً بیان فرموده و اسباب درمان این دردها را هم شرح می‌دهد. و می‌فرماید:
﴿أَوَ لَمۡ يَكۡفِهِمۡ أَنَّآ أَنزَلۡنَا عَلَيۡكَ ٱلۡكِتَٰبَ يُتۡلَىٰ عَلَيۡهِمۡۚ إِنَّ فِي ذَٰلِكَ لَرَحۡمَةٗ وَذِكۡرَىٰ لِقَوۡمٖ يُؤۡمِنُونَ٥١﴾[العنکبوت: ۵۱]
«آیا کفایت نکرده است ایشان را آنچه فرستادیم بر تو کتاب که خوانده می‌شود بر ایشان، هرآینه در این مقدمه رحمت و پند است برای قومی که باور می‌دارند».
علامه ابن قیم/می‌گوید: «هر کسی را که قرآن شفا ندهد پس اللهﻷاو را شفا نداد و هر کس را که قرآن او را کفایت نکند پس اللهﻷاو را کفایت نکرد» (زادالمعاد).
اما بیماری‌های جسمی، قرآن کریم به اصول طبی آن و کلیات و قواعد آن ارشاد می‌فرماید و در آن اصول پزشکی آمده است و بر سه قسم است: یکی حفظ سلامتی است، دومی پرهیز از مواد آسیب‌رسان و بیماری‌زا است، و سوم طلب راحتی از مواد فاسد و آسیب‌رسان می‌باشد.
اگر فردی به دقت به وسیله قرآن تداوی نماید، تأثیر عجیبی در شفای فوری بیماریش خواهد بود، امام ابن قیم/می‌گوید: «زمانی در مکه مکرمه بودم که در آن زمان بیمار شدم و پزشک و درمانی نیافتم، و خودم را به وسیله سوره فاتحه معالجه نمودم و در آن تأثیر عجیبی مشاهده کردم، مقداری از آب زمزم برداشته و بر آن به دفعات سوره فاتحه را می‌خواندم، سپس آن را می‌نوشیدم، پس از آن سلامتی کامل پیدا کردم، و اطمینان و یقین حاصل نمودم، و در بسیاری از بیمار‌ی‌ها بکار بردم و از آن بیشترین تأثیر را گرفتم، و آن را برای کسانی که از درد خود شکایت داشتند تعریف نمودم، آن‌ها نیز استفاده کرده و بیشترشان سریعاً خوب شدند» (زادالمعاد).
معالجه به وسیله دعا و رقیه ثابت شده از سنت پیامبر جنیز چنین بوده است و از بهترین داروها می‌باشد، و هرگاه دعا از منهیات به دور باشد، از بهترین اسباب برای دفع ناپاکی‌ها و رسیدن به خواسته‌ها می‌باشد، و دعا از بهترین داروهاست، مخصوصاً که همراه استقامت و پافشاری در آن باشد، و دشمن بلاست و آن‌ها را درمان و دفع می‌نماید و از نزول بلا جلوگیری می‌کند و یا حداقل در حین نزول بلا آن را خفیف و سبک می‌کند (جواب الکافی).
در حدیث شریف آمده: (دعا، در مقابل مشکلاتی که فرودآمده و یا نیامده سودمند است، پس ای بندگان خدا، بر شماست که دعا کنید) (ترمذی و حاکم) و باز می‌فرماید: (هیچ چیز به جز دعا قضا و بلا را برنمی‌گرداند و هیچ چیز به جز نیکی به (طول) عمر نمی‌افزاید) (ترمذی و حاکم).
و اینجا نکته‌ایست که مستلزم فهم و درک است و آن اینست که بی‌شک آیات، اذکار، دعاها، معوذات که به وسیله آن‌ها شفا خواسته می‌شود، در نفس خودشان شفادهنده و نافع هستند، ولی اعتقاد و قدرت فاعل و همچنین تأثیرگذاری او را طلب می‌کند و با وجود ضعف تأثیر فاعل و یا عدم اعتقاد مریض و یا شک در آن باعث جلوگیری از تأثیر دارو می‌شود، و شفا حاصل نخواهد شد، پس معالجه به وسیله دعا و رقیه مستلزم دو چیز است: یکی از حیث بیمار و دیگری از جهت معالجه‌کننده.
آنچه که مربوط به بیمار است به چند چیز مهم بستگی دارد: به اینکه قوت نفس داشته باشد، و با صدق و راستی به سوی اللهﻷمتوجه باشد و اعتقاد راسخ داشته باشد به اینکه قرآن برای مؤمنین شفا و رحمت است و با طرز صحیح به اللهﻷپناه آورد و دل و زبان را یکی گرداند، و این هم نوعی مبارزه با نفس و شیطان می‌باشد.
برای یک مبارز، پیروزی بر دشمن حاصل نمی‌شود مگر با وجود دو چیز: یکی اینکه اسلحه سالم و خوب داشته باشد، دیگر اینکه بازوی قوی داشته باشد، اگر سلاح نامناسب باشد در حالی که بازوی بزرگ و قوی داشته باشد هرگز پیروزی حاصل نمی‌شود و بالعکس. حال تصور نمایید که نه اسلحه‌ای موجود باشد و نه زور با زور، آنگاه چه اتفاقی می‌افتد؟ یعنی قلب از توحید و توکل و خداترسی و توجه به الله خالی باشد و از سلاح (دعا) هم محروم باشد آنگاه چه خواهد شد؟!
وجه دوم از بابت معالجه‌کننده به وسیله قرآن و حدیث است که برای او هم دارا بودن دو چیز الزامی است، به همین دلیل ابن تین/می‌گوید: «رقیه و دعا با معوذات و پناه جستن با اسماء اللهﻷطبی روحانی است و زمانی که بر زبان انسان نیکوکاری جاری شود به اذان شفا حاصل می‌شود» (فتح الباری).