شیخ در دانشگاه اسلامی مدینه
هنگامی که آوازه و شهرت شیخ در آفاق پیچید، و علم و معرفت ایشان دربارۀ علم حدیث بر سر زبانها افتاد، برای تدریس و استادی کرسی حدیث در دانشگاه اسلامی مدینه فراخوانده شد و مدت ۳ سال در آن دیار مقدس تدریس نمود.
ولی حاسدین و حاقدین و درباریان و کسانی که با گسترش علم و آگاهی مخصوصا علم حدیث و بررسی اسانید، ـ که شیخ از احیاء کننده‌گان آن بود ـ منافع خود را در خطر می‌دیدند آرام ننشستند، و با حیله و نیرنگ و دروغ و بهتان و تقرّب به حکام، توانستند بیشتر از شش ماه شیخ را به زندان بیاندازند، و شیخ قبل از این هم در سال ۱۹۶۷م به مدت یکماه زندانی شده بود.
شیخ از خلوت زندان استفاده نمود. از آن جمله «صحیح مسلم» را مختصر نمود، قابل ذکر است که این غیر از آن مختصری که امام منذری انجام داد، که شیخ آن را نیز تحقیق نموده است.
زندان هرگز باعث نشد تا شیخ راه دعوت و مبارزه را رها نماید، بلکه در زندان هم زندانیها را بسوی قرآن و سنّت دعوت می‌کرد، و در زندان نماز جمعه و جماعت بر پا می‌نمود.
شیخ آلبانی، بعد از آزادی از زندان مسیر دعوت و مبارزه را ادامه داد، تا اینکه اهل بدعت و درباریان عرصه را بر شیخ تنگ کردند تا آنجائی که شیخ مجبور به مهاجرت شد، آنگاه از سوریه به اردن هجرت نمود، و بعد دوباره به سوریه برگشت، و از آنجا به بیروت، سپس به امّارات، و در نهایت به اردن هجرت کردند و در شهر «عَمَّان» پایتخت اردن مسکن گزید.