روش تحقیق
روش این تحقیق، روشی ترکیبی است با استفاده از (به ترتیب اولویت): آیات قرآن، عقل، روایات تاریخی (به صورت مجموعه‌ای دسته بندی شده در کنار سایر روایات و نه به صورت گزینشی) و احادیث.
روشی که بیشتر محققین و نویسندگان شیعه در تحقیقات خود به کار می‌برند این است که:
۱- آیاتی را به نفع خود انتخاب می‌کنند که می‌توان آن آیات را با برخی روایات تاریخی به نفع خود اثبات کرد. یعنی عمده استدلال آنها آیاتی است که می‌شود آنها را با روایات تاریخی اثبات کرد و تنها برگ برنده آنها این موضوع است که این روایات در کتب اهل سنت نیز وجود دارد.
۲- سعی می‌کنند آیات قرآن را با حدیث یا روایت به نفع خود، تفسیر کنند.
در صورتیکه آیات قرآن باید با یکدیگر تفسیر شوند و همچنین با توجه به سیاق آیات قبلی و بعدی آن آیه باید معنای آن را فهمید.
۳- چنانچه این آیات را با توجه به سیاق آیات قبلی و بعدی تفسیر و معنی کنیم کل استدلال آنها به هم می‌ریزد برای همین به جرات می‌توان گفت تمامی آیاتی که شیعه به عنوان دلیل در دست دارد را نباید با آیات قبل و بعد تطبیق داد یا نباید با سایر آیات قرآن تفسیر کرد بلکه باید آنها را با روایات تاریخی و حدیث تفسیر کرد تا با عقاید شیعه جور در بیاید.
۴- به تواتر از قول پیامبرجو ائمه به ما رسیده که سخنان ما را با قرآن تطبیق دهید اگر مطابق آن بود قبول کنید و گر نه آنرا به دیوار بکوبید. ضمن اینکه هیچ کجا نگفته‌اند که معیار صحت روایات و احادیث، جود آنها در کتب اهل سنت است.
۵- علاوه بر موارد فوق برای تفسیر و حتی فهمیدن معنی کلمات موجود در این آیات در اکثر موارد باید اصول کلی قواعد عرب و حتی عرف جامعۀ عرب را زیر پا گذاشته و به استثنائات بیشمار قواعد عربی رجوع کنیم. مثال: در آیه ولایت، منظور از الذین (کسانی که) فقط یک نفر یعنی حضرت علی÷بوده منظور از زکوه، زکوه مستحبی بوده، منظور از ولی، خلیفه و جانشین پیامبرجبوده، یا در آیه عصمت منظور از اهل بیت فقط حضرات حسن و حسین و فاطمه و علی بوده‌اند در صورتیکه این مخالف کامل عرف و فرهنگ عرب و شواهد بیشمار تاریخی و معنای تحت الفظی این کلمه و همچنین سیاق آیات قبلی و بعدی این آیه است و تنها استدلال شیعه وجود چند حدیث آحاد در کتب اهل سنت است که اهل بیت را منحصر در خانواده حضرت علی÷کرده است. یا کلمه رجس (آلودگی) را خارج از معنای ظاهری آن به هر نوع آلودگی جسمی و روحی معنا کرده و شمول آنرا تا حد عصمت بالا می‌برند در حالیکه برای این معنا یعنی دوری از گناه یا آلودگی‌های معنوی کلمات بسیار واضح‌تری در زبان عرب وجود دارد: تقوی، عصمت و... و از اعجاز قرآن، استفاده از کلمات مبهم بسیار بعید است.
۶- بیشتر از منابع متاخر استفاده می‌کنند به جای رجوع به منابع قدیمی تاریخی.
بر خلاف روش معمول محققان شیعه روش ما در این تحقیق از این قرار است:
۱- سندیت آیات قرآن و تفسیر هر آیه با توجه به آیات قبلی و بعدی.
۲- تفسیر کلمات مورد نیاز در آیات با توجه و مراجعه به سایر آیات قرآن.
۳- سندیت احادیث و روایات تاریخی در صورتیکه مخالف آیۀ به خصوصی از قرآن نباشد. یا مخالف روح کلی آیات و تعالیم قرآنی.
۴- مراجعه به متون معتبر قدیمی و حداکثر نزدیک به زمان واقعه.
۵- بررسی سند (سلسله روات) احادیث و روایات.
۶- قرینه یابی برای وقایع تاریخی در لابه لای سایر متون.
۷- تواتر روایات و احادیث (البته حدیث آحاد در صورتیکه به طور کامل با قرآن و سایر قرائن تاریخی منطبق شود و با عقل مخالف نباشد می‌تواند در کنار سایر مدارک قرار گیرد).
۸- در نهایت برای صدور رای نهایی، تمامی موارد فوق باید عقلی و منطقی بوده و مطابق شرایط عرفی و فرهنگی همان جامعه در همان روزگار باشد.
پس روش کلی تحقیق به طور خلاصه از این قرار است:
۱- ابتدا شک کن
۲- خودت را در مسیر تحقیق قرار بده نه تحقیق را در مسیر خودت (و امیال و هوس‌های نفسانیت).