خونی كه چراغ هدایت و بیداری را برافروخت:
قضایایی که هرچه بیشتر خشم و نفرت طاغوتیان را نسبت به شیخ برانگیخت از این قرار بود:
الف: فعالیت خستگی ناپذیر وی و عرضه نمودن توحید و اسلام ناب.
ب: امداد رسانی زمستان سال ۵۸ درپی مصیبت و واقعه اسف بار بندر لنگه.
ج: نماز تراویح و سخنرانی‌های هر ساله ماه رمضان شیخ در مسجد گلداری بندر عباس.
د: خطبه و نماز جمعه بندر عباس و صراحت شیخ در دفاع از حقوق اهل سنت در این خطبه‌ها.
هـ: استقبال قابل توجه اهل سنت جنوب از مدرسه دینی شیخ و بازدهی بسیار خوب این مدرسه در مناطق مختلف جنوب کشور.
این حرکت‌ها و فعالیت‌های باتدبیرانه شیخ تاب و تحمل ظالمان و طاغوتیان را گرفت و در نتیجه شیخ را هرچند هفته‌ای یکبار برای بازپرسی به مرکز اطلاعات فرا می‌خواندند و چند بار نیز ایشان را بازداشت کردند و به مدت دو ماه و باردیگر یک هفته در زندان بودند و بعد از آن تصمیم به ترور ایشان گرفتند.
و بالاخره شیخ محمد ضیایی پس از عمری دعوت، در سن ۵۵ سالگی در روزی ما بین چهارشنبه ۲۲ تیرماه ۱۳۷۳ تا چهارشنبه ۲۹ تیرماه ۱۳۷۳ مطابق با ۴ الی ۱۱ صفر ۱۴۱۵هـ.ق به جرم مبلغ اسلام بودن توسط افرادی کوردل، جنایت کار از خدا بی‌خبر و قسی القلب به اذن الله به درجه‌ی رفیع شهادت رسید. شهادت شیخ آخرین و بزرگترین افتخار در زندگی دنیوی او بود که به آن نایل آمد.
این جنایتکاران پس از شکنجه‌های بسیار شیخ را کشته و جسد بیجانش را با ماشین ایشان در یکی از بیابان‌ها و کوه‌های بین بندرلنگه و بستک پایین دره پرت می‌کنند، در حالیکه آثار شکنجه و تعذیب شدیدی بر بدنشان آشکار بود. بعد از آن خود حکومت اعلام می‌کند که شیخ ضیایی تصادف کرده است و جسد و ماشین او پایین دره پیدا شده است.
بعد از ترور شیخ نصف مدرسه دینی او را به بهانه کوچه و جاده، تبدیل به فضای سبز و خیابان می‌کنند.
بسیاری از رادیو و مجلات خارجی مسئله ترور شیخ را مطرح نمودند اما چه کسی در این کشور از حقوق اهل سنت دفاع می‌کند؟!
طبق معمول سران اطلاعات بندر عباس در مراسم تعزیه شیخ ضیائی نیز شرکت کردند که مردم شک نکنند که این جنایت، کار دولت است اما حقیقت عیان و آشکار است.
جالب اینجاست که دشمنان اسلام تصور می‌کردند کسی که مدرسه دینی و اهل سنت جنوب را رهبری می‌کند شهید ضیایی است. اما وقتی پس از شهادت او مدرسه‌ای که با اخلاص او اداره می‌شد، استوارتر از همیشه با کار خود ادامه داد و نوارهای سخنرانی او بین مردم دست به دست شد، بسیار دیر پی به اشتباه خود بردند. مراسم تشییع جنازه‌ای که مردم برای او ترتیب دادند و نه خانواده وی، بی‌نظیر بود و شاید قاتلین شهید حتی تصور نمی‌کردند که آن جنایت چنین پیش آمدی داشته باشد. نه تنها از طرفداران شهید کاسته نشد بلکه کسانی که تا آن روز نام ضیایی را هم نشنیده بودند، آن روز شناختند و مشتاق شناختن او شدند.
اغراق نیست اگر بگوییم شهید ضیایی دایرة المعارفی از تاریخ اسلام و احکام اسلامی بود که جامعه اهل سنت ایران از دست داد. اما بدون شک شاگردانی به جای گذاشت که امیدواریم بتوانند جای خالی او را پر کنند.
این سنت الهی در مورد پیامبران و وارثانشان که همان علماء و دعوتگرانند بوده و هست و خواهد بود که دچار سختی‌ها و ابتلا‌ها و امتحانات بزرگی می‌شوند.
خداوند او را قرین رحمت خویش گرداند و در بهشت برین همراه با صدیقین و شهدا و انبیا قرار دهد.
روحش شاد و یادش گرامی باد.