خانواده و دوران جوانی:
او در شهر قم و در خانواده‌ای شیعه مذهب به دنیا آمد. پدرش فردی زاهد و فقیر بود. مادرش سکینه سلطان، دختر شیخ غلام رضا قمی بود. برقعی از سن ده سالگی پای در مکتب گذاشت، تعلیم و قرائت قرآن را فرا گرفت و سپس نزد شیخ عبدالکریم حائری از عالمان سرشناس شیعه رفت تا مراحل تحصیلش را ادامه دهد. او برای تخصص در علم فقه و اصول فقه به نجف رفت و سه سال در آنجا سپری کرد و از مرجع شیعه سید ابوالحسن اصفهانی کسب علم نمود. آیت الله برقعی قبل از مراجعت به ایران، تصدیق اجتهاد را از سید ابوالحسن اصفهانی دریافت کرد. پس از ورود به ایران وی علاوه بر تدریس و تحقیق در علوم دینی، مسائل سیاسی را نیز پی‌گیری می‌کرد. او به آیت الله کاشانی علاقه داشت و وقتی کاشانی در تبعید بود، آیت الله برقعی با وی ارتباط داشت و هنگامیکه آیت الله کاشانی به ایران بازگشت این ارتباط صمیمی‌تر و گرم‌تر شد و به امامت مسجد گذر وزیردفتر منسوب شد.
تغییر دیدگاه آیت الله برقعی پس از تحقیقات و مطالعاتی که در زمینه علوم دینی کرده بود، در سن ۴۵ سالگی مدعی شد که در مذهب شیعه، خرافات زیادی وجود دارد که خلاف متون دینی هستند، سعی کرد تا با این خرافات مبارزه کند. از آن به بعد، وی اصلاحاتی در ایده و نظرهای خود ایجاد کرد، از جمله؛ مخالفت با بزرگ نمایی علی بن ابیطالب، زیر سؤال بردن توسل به امامان و محدود کردن خمس تنها برای غنایم جنگی، هم چنین او انتقاداتی نیز به حوزه علمیه و برخی روحانیون کرد. وی معتقد بود که «قرآن احتیاج به تفسیر ندارد، چون تفسیر نظر انسانی است در حالی‌که قرآن سخنان خداوند است و هر فرقه‌ای به نفع خودش قرآن را تفسیر می‌کند اما باید برای غیر عرب زبان، قرآن را خوب ترجمه نمود نه تفسیر».
وی در کتاب «تضاد مفاتیح الجنان با قرآن» می‌گوید:
از جمله خرافاتی که در میان عوام مسلمین حتی در میان عالم نمایان رواج دارد و نتیجه سکوت علما است، اعتقاد به کرامات و معجزات از قبور ائمه یا اعقاب آن‌ها و سایر بزرگان دین است. در حالی که چنین اعتقاداتی مخالف اصل «توحید» و عقاید اصیل اسلامی و قرآنی است.