جنایات صفوی‌ها در خراسان و هرات
در این مقاله نمی‌توانیم به تمام جزئیات و اینکه چگونه در شهرها به قتل و غارت و جرم و جنایت دست می‌زدند بپردازیم، تنها برای شروع از مناطق آذربایجان و شهر تبریز حرف زدیم تا مشتی باشد نمونه‌ی خروار؛ هر چند که هر شهری برای خود قصه‌ای دارد. این جنایت کاران به بهانه‌ی سرکوب مخالفان خود به مناطق مختلف حمله می‌کردند و چون در ایران حکومت یکپارچه‌ای وجود نداشت هیچ گروهی از حاکمان اهل سنّت حاضر نمی‌شد با مخالفان خود متحد شود و با ایجاد یک حکومت متحد و قدرتمند جلو این سیل بنیان کن صفوی را بگیرند، همین سکوت آن‌ها و عدم تحرک‌شان برای دفاع از مناطق دیگر باعث می‌شد قزلباش‌ها، مناطق خود آن‌ها را نیز تصرف کنند و دست به جنایت بزنند، جنایتی که در هر شهری برای خود قصه‌هایی دارد. برای مثال وقتی که قزلباش‌ها شهر مرو را تصرف نمودند و قتل و غارت و کشتار را انجام دادند لشکر خود را بسوی هرات گسیل دادند، هرات در آن زمان یکی از مراکز مهم فرهنگی ایران و پرجمعیت‌ترین شهر خراسان بود، در این شهر مدارس پر رونقی دائر بود که علمای نامداری چون مولانا تفتازانی در آن‌ها تدریس می‌کردند، و دانشجویان بسیاری حتی از ماوراءالنهر و هندوستان و عثمانی در آنجا به تحصیل اشتغال داشتند، اهمیت فرهنگی هرات در آن زمان از این‌جا معلوم می‌شود که بدانیم بزرگانی چون استاد بهزاد در آن شهر تحصیل کرده بودند، و در آن شهر به تربیت هنرمندان و آفزینش هنری اشتغال داشتند، جامی عارف نام‌دار ایران نیز از همین شهر، در همین جا تحصیل کرده بود، و اندکی پیش از این رخدادها در این شهر درگذشته بود، به علاوه یکی از بزرگترین کتابخانه‌‌های ایران در هرات دائر بود که به همّت امیر علی شیر نوائی وزیر بایقرا، به شکوه رسیده بود، و ده‌ها هزار جلد کتاب در آن نگهداری می‌شد، هر چند که حاکمیت هرات در آن اواخر به دست ترک‌های شیعه زیدی مذهب افتاده بود، ولی در هرات نه مردم از مذهب شیعه پیروی می‌کردند، و نه یک عالم و سخنور و دانشمند شیعه وجود داشت؛ زیرا که مردم هرات در آن زمان عموماً سنی بودند.
یک گروه قزلباش به فرماندهی مردی به نام قلی جان از سردستگان تبرائی به هرات گسیل شدند، مردم هرات که جنایت‌‌های قزلباشان در مرو را شنیده بودند، راه چاره را در آن دیدند که دواطلبانه تسلیم قزلباشان شوند، شاید از تجاوز و کشتار برهند، قلی جان پس از آن که شهر را تحویل گرفت علما و اعیان را به مسجد جامع فرا خواند، او در مسجد به قاضی القضات هرات دستور داد که شیعه شود، و برفراز منبر رفته تبرا کند و به ابوبکر و عمر و عثمان لعنت بفرستد، و حکم کفر سنی‌ها را صادر کند، قاضی القضات بی‌چاره که نمی‌دانست چنین دستوری را اجابت کند، در همانجا در کنار منبر به دست قزلباشان به قتل رسید، و شکمش را دریدند و امعا و احشایش را به پای منبر ریختند. دومین مردی که دستور یافت بر فراز منبر رفته ابوبکر و عمر عائشه را دشنام دهد و از مذهبش دست بکشد، حافظ زین الدین علی، مفتی اعظم هرات بود، این فقیه نیز از اجرای فرمان قلی جان سرباز زد، قلی جان به دست خودش شکم وی را درید و امعا و احشایش را بیرون کشیده و میان مردم حاضر در مسجد افکند، و سپس سرش را از تن جدا کرد. پس از آن قلی جان به قزلباشان دستور داد که همه حاضران در مسجد را از خُرد و درشت به قتل برسانند، جسدهای قاضی القضات و حافظ زین الدین را به همراه اجساد چندین تن دیگر از بزرگان و اعیان هرات در میدان شهر به آتش کشیدند، روزهای آینده بقایای بزرگان شهر بازداشت و در بند شدند تا شاه اسماعیل خودش درباره‌ی آن‌ها تصمیم بگیرد. شاه اسماعیل در آذرماه ٨٨٩ وارد هرات شد، و «حکم ولائی» برای کشتار و انهدام و تاراج صادر کرد، مولانا تفتازانی که بزرگترین فقیه جهان اسلام در زمان خودش به شمار می‌رفت، و برترین مرجع دینی سنی‌های خراسان و سیستان و ماوارءالنهر و هندوستان و عثمانی، و حتی مرجع دینی بایزید دوم و دولت‌مردان عثمانی بود، در آن وقت در بند قلی جان بود، شاه اسماعیل وی را به حضور خواست و به او حکم کرد که تبرا کند و دست از «مذهب باطل» بکشد، چون مولانا حاضر نبود، به فرمان مردی گردن نهد که به نظر او از اسلام بیگانه بود، شاه اسماعیل دستور داد وی را آرام آرام قطعه قطعه کردند، تا چندین ساعت در زیر شکنجه بماند و جسد مولانا را نیز به آتش کشیدند، و خاکسترش را در کوچه‌ها پراکندند تا لگد کوب عوام گردد. کشتار مردم و انهدام مساجد و مدارس و بناهای تاریخی در هرات و شهرهای اطراف آن چندین روز ادامه داشت، و چنان شد که هرات به یک مخروبه تبدیل گردید، مقابر بزرگانی که در شهرهای هرات خفته بودند شکافته گردید و اجسادشان از گورها برآورده شده و به آتش کشیده شد، جسدهای خواجه‌های بزرگ هرات را نیز از گورها برآورده پراکندند، جامی (عارف بزرگ تاریخ ایران) نیز از جمله بزرگانی بود که جسدش از گور برآورده شد، و به جرم سنی بودن به او تازیانه زدند، و استخوان‌هایش را در بیابان پراکندند. در آن زمان مناطق خراسان و هرات و بلخ و بخارا توسط تیموری‌ها اداره می‌شد و بعدها عبیدالله خان که جانشین شیبک خان شده بود توانست بار دیگر مرو و هرات را باز پس بگیرد و صفوی‌ها را بیرون کند، شاه اسماعیل حکومت صفوی را تشکیل داد و اعلان کرد که مذهب رسمی آن شیعه امامیه هست و علمای شیعه را از جبل عامل لبنان و احساء فراخواند. در ابتدا این اعلام برای خیلی از شیعیان خوشایند بود و آن را به فال نیک گرفتند و بسیاری بسوی ایران آمدند، اما وقتی که حقیت این گروه را در می‌یافتند بلافاصله از آن‌ها اعلام بیزاری می‌کردند در نتیجه اضافه بر اهل سنّت ایران گروهی از شیعیان نیز که از عمکرد صفوی‌ها راضی نبودند و مورد خشم آن‌ها قرار گرفتند؛ مانند آن چیزی که بر سر شیعیان آل مشعشع در آمد که به مشعشعیان معروفند و در خوزستان حکومت می‌کردند. آن‌ها شیعه امامی بودند و چون از عمل‌کرد قزلباش راضی نبودند آن‌ها را نیز تار و مار کردند، صفوی‌ها همواره به فکر گسترش حکومت خود بودند و توانستند شهرهای ری و اصفهان و شیراز را تصرف کنند و تبریز را پایتخت خود اعلام کردند و در صدد تصرف بغداد و دیاربکر و شهرهای دیگر بر آمدند.