٣- خراسان
بعد از کردستان بیشترین جنگ‌های صفوی، در خراسان با ازبکان بود و مرکز خراسان در آن زمان شهر هرات بود، صفوی‌ها در خراسان کشتارهای زیادی به راه انداخته بودند و بعد از شروان و تبریز، همیشه محل تاخت و تاز قزلباش و صفوی‌ها بود. آن‌ها بعد از هر شکستی گویا انتقام خود را از مردم این مناطق می‌گرفتند. منطقه‌ی خراسان جولانگاه نبرد صفوی‌ها بود، اما نه با عثمانی‌ها بلکه با ازبک‌ها می‌جنگیدند و این مناطق بین ازبک‌ها و تیموریان دست به دست می‌شد. زمانی که قزلباشان در ایران مشغول کشتار و تاراج کشورگشایی بودند، سُغد و خوارزم و خراسان و گرگان در دست یکی از امرای ازبک به نام محمد خان بود که لقب شهبیک خان بر خورد نهاده بود، قرلباش‌ها چون نمی‌توانستند این لقب را درست تلفظ کنند او را شیبک خان نامیدند، شیبک خان در سال‌های ٦٧٩ و ٨٨٠ شمسی، بر سمرقند و بخارا دست یافت و فرغانه را از بابر تیموری گرفت، و طی سلسله لشکرکشی‌ها، در سال ٨٨٧ شمسی بلخ و مرو و هرات و نیشاپور و گرگان را از فرزندان سلطان حسین بایقرا (متوفی ٨٨٥ هـ.ش) گرفت، و دامنه‌ی متصرفاتش را به دامغان رساند. او که خود را شاه ایران می‌نامید فُضلا و دانشمندان فراری از سلطه‌ی صفوی و قزلباشان را زیر چتر حمایت گرفت، و بر آن شد که به جنگ قزلباشان برخیزد و سلطه آن‌ها را براندازد. اما هزاره‌ها که از مغول‌های شیعه بودند، با او درگیر شدند و شیبک خان غافلگیر و شکست خورد. شاه اسماعیل که از شکست‌های شیبک خان اطلاع یافته بود، در زمستان آن سال با قزلباشانش به بهانه‌ی زیارت مرقد امام رضا به مشهد حرکت کرد، او دامغان و گرکان را گرفته و منهدم کرد و در انجام وارد مشهد شد، و پس از کشتاری که در مشهد کرد، یک گروه قزلباش را نیز برای انتقام به مرو فرستاد. جنگ بین ازبک‌ها و صفویان همیشه ادامه داشت و عدم تمکین یک قدرت بر سیطره بر این مناطق باعث شد مردم بسیاری از شهرهای خراسان مانند تربت جام، خواف، بیرجند، تایباد، سنگان، سرخس و... بر مذهب اهل سنّت باقی بمانند و بسیاری از مناطق نیز برای همیشه از ایران جدا شدند.