محمد بن علی بن حسین بن علی بن ابی طالب/:
از جمله بزرگداشتی که جابر بن عبدالله انصاریببرای وی قائل بود آنچیزی است که در صحیح مسلم (۱۲۱۸) روایت شده است. حدیثی طولانی است که جعفر بن محمد (پسر علی بن حسین) از پدرش روایت میکند که گفت: « نزد جابر بن عبدالله رفتیم، دربارهٔ کسانی که نزدش آمده بودند میپرسید تا اینکه نوبت به من رسید، گفتم: من محمد بن علی بن حسین هستم، پس دستش را به طرف سرم آورده و دکمهٔ بالا و پایین پیراهنم را باز کرده و کف دستش را میان سینهام گذاشت و من آن روز نوجوان بودم. گفت: خوش آمدی ای برادرزادهام! هر چه میخواهی طلب کن .. گفتم: مرا از حج رسول اللهصبا خبر کن» پس حدیثی طولانی دربارهٔ روش چگونگی حج پیامبرصبرایش گفت.
ابن تیمیه در منهاج السنة (۴/۵۰) میگوید: «و همچنین ابو جعفر محمد بن علی از دانشمندان و دینداران برگزیده بود و گفته شده که وی را باقر نام نهادهاند زیرا او علم را میشکافت و به خاطر این نبود که سجده پیشانیاش را شکافته بود».
مزی در شرح حال وی در تهذیب الکمال میگوید: «عجلی گفته است: مدنی تابعی، مورد اعتماد و ابن البرقی گفته است: فقیهی بافضیلت بود».
امام ذهبی/در «سیر أعلام النبلاء» (۴/۴۰۱-۴۰۲) میگوید: «او سرور و پیشوا، ابو جعفر محمد بن علی بن حسین بن علی علوی فاطمی مدنی است، پسر زین العابدین ... یکی از افرادی بود که علم و عمل و بزرگی و شرافت و اعتماد و وقار را یکجا گردآورده بود، شایستهٔ خلافت بود و او یکی از امامان دوازده گانه نزد شیعیان امامی است که وی را گرامی میدارند و میگویند که معصوم است و تمام دین را می داند، ولی قول صحیح این است که جز فرشتگان و پیامبران کسی معصوم نیست و هر شخصی کار درست کرده یا اشتباه میکند و به سخنش عمل شده یا رها کرده میشود جز پیامبرصکه معصوم بوده و بوسیلهٔ وحی تأیید میشده؛ و او به ابوجعفر باقر مشهور است از «بَقَر العلم» یعنی علم را شکافت گرفته شده است زیرا او اصل و امور پنهانیاش را میشناخت، ابو جعفر پیشوایی مجتهد بود که بسیار کتاب الله را تلاوت مینمود، بزرگوار ...»
امام ذهبی همچین (ص ۴۰۳) میگوید: «نسائی و دیگران وی را از فقهای تابعین در مدینه برشمردهاند و حافظان حدیث اتفاق نظر دارند که ابی جعفر قابل استناد است».