مخالفت پاپها با دانشمندان
کشیشها نه تنها با مخالفین خود چنین می‌کردند بلکه بسیاری از افراد مسیحی و مخصوصا با دانشمندان علوم طبیعی نیز چنین معامله می‌کردند و به طرز بیرحمانه‌ای معدوم می‌ساختند. این اعمال به اندازه‌ای زننده بود که در بعضی از موارد پیروان متعصب خود پاپ با آن مخالفت داشتند. به عنوان نمونه وقتی مسیحی‌ها بر اسپانیا تسلط یافتند دربارۀ طرز رفتار با مسلمین دو نظر ابراز شد: نظریۀ اول، پاپها می‌گفتند تمام افراد مسلمان بدون استثناء حتی زنان واطفال باید کشته شوند، نظریۀ دوم که مردم عوام درخواست داشتند این بود که تمام مسلمانان را از مملکت اخراج کنند. پادشاه اسپانیا برای آنکه هر دو نظر عملی شود در سال ۱۶۱۰ میلادی دستور داد همه را از مملکت اخراج کنند، اما سه ربع مسلمین قبل از خروج به قتل رسیدند!!! (مراجعه شود به تاریخ تمدن گوستاولوبون).
متأسفانه هر نظر علمی تازه‌ای که متکی به دلائل منطقی بود نزد پاپها مردود شناخته می‌شد و در نظر عوام به نام مخالفت با اصول آئین مسیح÷جلوه می‌دادند. به همین دلیل بسیاری از دانشمندان را به جرم نظر علمی، به حبس محکوم کرده و یا بعضی را زنده زنده آتش می‌زدند. در نتیجۀ این کشت و کشتارها آئین مسیحی دو جنبۀ منفی به خود گرفت: یکی جنبۀ توحش و ضد بشری. دیگر جنبۀ ضد علمی. چون علوم تدریجا سیر تکاملی داشت و پاپ و کلیسا که خود را مقابل علوم و ضد دانش قلمداد کرده بود عقب‌نشینی می‌کردند تا آنکه مذهب جنبۀ ضد علمی به خود گرفت و این وسیله‌ای شد برای تبلیغ بی‌دینی تا آنکه امروز وقتی به مکتوبات مادیین مراجعه می‌کنیم می‌بینیم همه جا مذهب را نقطۀ مقابل علم قلمداد می‌کنند. مثلا می‌گویند: استنباط مذهبی چنین ولی استنباط علمی چنان اقتضاء دارد.