وفات روز شنبه سوم ماه تشرین الاول سال ۱۹۶۴م سنبل شعلههای فروزان رو به افول نهاد و دکتر سباعی در سنی که هنوز به ۴۹ سالگی نرسیده بود به جوار حق پیوست، و صدها هزار نفر از مردم سوریه و دمشق در تشییع جنازه سباعی جهت خداحافظی با رهبر خود، شرکت نمودند.