امام بخاری بدون خداحافظی شهر را ترک می‌كند.

پس از آن امام بخاری از منزلش بیرون نمی‌آمد و مجلس املاء حدیث برگزار نمی‌کرد و کسی جز امام مسلم بن حجاج و احمد بن سلمه به ملاقاتش نمی‌رفتند.

با خود تصمیم گرفت نیشابور را ترک کند و تصنیفاتش را با خود ببرد. نور ایمان را با تمام وجود احساس می‌کرد و به توانایی و صبر عنایت می‌نمود.

و بر هیچ چیزی جز توطئه اهل علم و دانش افسوس نمی‌خورد در حالی که در مقابل استادش امام یحیی با ادب و فروتنی و تواضع رفتار می‌نمود.

به کسانی که هنگام نماز به آنان برخورد می‌کرد می‌فرمود:

«هرکس گمان می‌کند من گفته‌‌ام «قرآن مخلوق است» او دروغگو است. من هرگز چنین نگفته‌‌ام «افعال بندگان مخلوق هستند».

امام بخاری از تهمت‌ها و افتراء‌هایی که به او نسبت می‌دادند پاک و مبرا بود. ولی چه کار می‌توانست انجام دهد و شیوخ نیشابور با زبان‌های تند و تیز نسبت به او بد دهنی و ناسزاگویی می‌کردند.

و دروغگویان با بهتان و افتراء قصد بدنام کردن او را داشتند و به او چیزهایی نسبت می‌دادند که نگفته بود و آتش فتنه شعله و زبانه می‌کشید.

و دوستان و یارانش نتوانستند آتش فتنه را خاموش سازند.

و هر روزی که می‌گذشت. این اوهام به صورتی مجسم می‌گردید. تا جایی که در نیشابور برای امام بخاری مقام و اعتباری باقی نماند.

علیرغم سختی و سنگینی این محنت و مصیبت ناشی از حسد بد خواهان، شخصیت امام بخاری از ثبات و استواری برخوردار بود و تزلزل به آن راه نیافته و ذره‌ای هم تکان نخورد.

در شبی که می‌خواست نیشابور را ترک کند، احمد بن سلمه به تنهایی به دیدارش آمد و امام بخاری در تاریکی شب به سوی بخارا، زادگاهش به حرکت در آمد و در آن لحظات به احمد بن سلمه، در حالی که او را در آغوش گرفته بود فرمود:

«ای احمد – این مرد (یعنی – محمد بن یحیی) به خیر و برکتی که خداوند به من عنایت فرموده بود حسد ورزید. دانش موهبتی است که خداوند به هرکس بخواهد اعطاء می‌کند. اما مسئله مخلوق بودن قرآن که امام احمد بن حنبل/در آن راه، به دلیل رد آن متحمل سختی‌ها و مشقات بسیار گردید تا جایی که به مسن بودنش هم رحم نکردند، و او را تازیانه زدند. من با معتزله در این امور مخالفت می‌کنم. و هنوز می‌گویم و تکرار می‌کنم کسی که اقرار کند قرآن مخلوق است، کافر محسوب می‌شود.

سپس به سوی بخارا حرکت کرد و این آخرین مسافرت و هجرت او بود.

***