بخارا از فرزندش استقبالی می‌كند ولی
گویا امام بخاری نمی‌دانست که سفرش به بخارا آخرین مهاجرت و سفر او در دنیا باشد.
او بعد از مدت کوتاهی سفر ابدیش را در عالم صدیقین و ابرار شروع می‌کند.
امام بخاری به سوی زادگاهش حرکت کرد در حالی که اخبار سفرش از قبل در بخارا منتشر شده بود. او در سفرش احساس تنهایی و وحشت نمی‌کرد. زیرا که او در انس و دوستی خدا بود. او با سفر خو گرفته و سختی‌ها و مشکلات را تمرین کرده بود. و سفر و مهاجرت بر او آسان بود. رفیقان سفرش قرآن و حدیث بودند.
مردم شهر بخارا از خبر آمدن امام بخاری مطلع گشتند و در جشنی بزرگ که دوستی و محبت بر آن سایه افکنده بود، بیرون آمدند و در مقدم پیشوا کنندگان، خالد بن احمد، امیر بخارا قرار داشت.
مردم با مشاهده چهره نورانی امام بخاری شروع به تکبیر گفتن نمودند و درهم و دینار و شیرینی بر رسم آن روزگار، نثار کردند.
امام بخاری به شهر نیکو که ثمره‌ای نیکو تقدیم نموده بود، داخل شد. و شروع به انعقاد مجالس علمی نمود. و مشکلات دینی مسلمانان را حل می‌نمود.
و امیر بخارا از امام بخاری خواست که مجالس درس خصوصی برای فرزندانش برگزار کند که سایرین اجازه‌ی شرکت در آن‌ها را نداشته باشند. یعنی اینکه محمد بن اسماعیل مدتی از مسلمانان کناره‌گیری کند.
او در طول زندگیش مجلس خاصی برای والیان و فرمانروایان برگزار نکرده بود و با این قبیل امور آشنایی نداشت و اینکه انسانی را بر انسان دیگر ترجیح دهد و هنگامی که شخصی از اطرافیان امیر بخارا در نزدش آمد و از او خواست به قصر برود تا بر فرزندان امیر کتاب «الجامع الصحیح» و سایر مصنفاتش را بخواند. حیرت و تعجب سرا پای وجودش را فراگرفت.
و در هیبت و غرور علمای و دانشمندان گفت:
«من علم و دانش را ذلیل نمی‌کنم و آن را به دروازه‌های مردم نمی‌برم، به امیر بگو اگر چنانچه چیزی می‌خواهد در مسجدم حضور یابد. یا به منزلم و اگر این کار را نمی‌پسندد، او سلطان است و قدرت دارد و می‌تواند مرا از عقد مجلس علم باز دارد، تا اینکه من در نزد پروردگارم، روز قیامت عذر داشته باشم و من علم و دانش را پنهان نمی‌کنم».
فرستاده امیر بازگشت در حالی که از شگفتی دست در دست می‌مالید.
امام بخاری موقعیت را درک و علناً اعلام کرد که علم و دانش را به درهای مردم نمی‌برد و کسی که در طلب علم و دانش است در هر موقعیت و مقام و مرتبه‌ای که باشد، باید به سویش برود.
همان طوری که برای امام بخاری غیر منتظره بود که امیر بخارا از او بخواهد در قصر حضور یابد و برای فرزندانش مجلس درس خصوصی برگزار کند. برای امر بخارا نیز غیر منتظره بود که امام بخاری در خواستش را رد کند و او آن را از کسی متوقع نبود و این امر غیر منتظره اثر سوء برای هریک از آنان داشت و امام بخاری توقع داشت که چیزی اتفاق بیفتد و گمانش تحقق یافت.