۱- نسخه تزکیه:
که در خزانه شهید علی باشا در استامبول جزو مجموعه شماره ۲٧۶۴ قرار گرفته است.
در این مجموعه چندین رساله در موضوع عقیده و حدیث وجود دارد، این رساله شماره یازدهم را به خود اختصاص داده که از صفحه ۱۵۲ تا ۱۵٧ است.
یعنی در ده صفحه واقع شده که هر صفحه‌ای چهارده سطر است و هر سطری بطور متوسط ۱۵ کلمه دارد چنانکه در شناسنامه مخطوط ذکر گردیده این نسخه در سال ۶۶٩ هـ به قلم شیخ یوسف بن محمد بن یوسف الهکاری نوشته شده است.
کاتب آن را قلم نسخی نوشته و در بعضی کلمات با حرکاتی که با آن نطق و تلفظ می‌شود مانند تشدید و مد و زیر و زبر و پیش آن را خوانا کرده است.
وصرا با علامت اختصاری (صلعم) نوشته است، ولی من آن را جدا و کامل نوشتم و همچنین بعد از اسم علی ابن ابی طالب و جعفر صادق کلمه (علیه السلام) بکار برده است، و اسم رساله را با قلم درشت چنین نوشته است:
«هذه مناظرة جعفر بن محمد الصادقس مع الرافضي».
البته باحرکات و پائین محمد بقیه نسبت را نوشته است ابن علی بن الحسن بن علی بن ابیطالب چنانکه در نمونه مخطوط که قبل از متن قرار داده شده ملاحظه می‌فرمائید.
همچنین در آخر نسخه اسم ناسخ (یا کاتب) و تاریخ نسخه برداری یا دعا برای خود و والدین و سایر مسلمین درج گردید است و بیوگرافی ناسخ را در آخر مخطوط ان‌شاء الله ملاحظه خواهید کرد.
و در آن قراءتی از مناظره توسط یکی از علماء در همان سالی که مناظره نوشته شده درج گردیده است و قراءت فقط در یک مجلس بوده است، که تاریخ آن را چنین نگاشته است ۱۶/۱۰/۶۶٩ ﻫ.
و همچنین بعضی رسائل دیگر با اختلاف اندکی که فقط فرق در تاریخ قراءت آن ملاحظه می‌شود.
و اصلا در مناظره همین نسخه ترکیه معتبر است، زیرا ابتداء همین نسخه بوده نسخه الظاهریه بعد از آن آمده است.