ضوابط، مواد و شیوه‌ی تحقیق در این رساله:
از آنجا که راه جستن به عرصه‌ی تفسیر قرآن در موضوع بکری مانند بررسی تطبیقی آیات علمی قرآن کریم در پرتو علوم تجربی، چنان دشوار و در عین حال حسّاس و خطیر است که منابع، روشمندی، ضابطه‌ها و ملاکها ی خاصّ خود را می‌طلبد از این روی، بنده برای وارد شدن به فضای بررسی تطابق آیات علمی قرآن کریم با ره‌آوردهای علم جدید، ضوابط و ملاکهای آتی را که مورد عنایت ویژه‌ی قرآن پژوهان معاصر قرار داشته است تا حد ممکن رعایت نموده‌ام:
۱- به کار گرفتن حقایق ثابتی که علم قطعیّت آنها را به رسمیّت شناخته است در میدان مقارنه‌ی تطبیقی با آیات قرآن و پرهیز از فرضیّه ها و نظریّه‌هایی که مورد قبول ضابطه مند جوامع علمی قرار نگرفته است.
۲- پرهیز از تکلّف و زیاده روی در امر اثبات تطابق آیات قرآن با فرضیّه‌های علمی از راه تأویلات و توجیهات بعیده‌ای که اساساً با مصداقیّت علمی هماوایی ندارند.
۳- لزوم توجّه به ساختارهای اساسی زبان عرب و بررسی قضایای علمی قرآن بر پایبست قواعد و روشهای بیانی آن.
۴- توجّه به اسباب نزول، ناسخ و منسوخ و تفسیرهای منقول از شخص پیامبرج، اصحاب کرام تابعین و بزرگان مفسّرین.
۵- عنایت ممکن به آخرین ره‌آوردهای علوم در حوزه‌ی علوم طبیعی و تجربی در بر رسی آیات علمی قرآن.
۶- حرمت گذاشتن به تخصّص علمی و عدم ورود و ابراز نظر عندی و اقتضائی در قضایای علمی تخصّصی، چرا که ابراز نظر پیرامون تطابق علمی آیات قرآن با دقایق علمی جدید در حوزه‌ی علوم طبیعی کار این حقیر که در این بُعد تخصّصی ندارم، نمی-باشد از این روی این ابحاث را با پشتوانه‌ی منابع تخصّصی ارزشمند، علمی و مستندی که در فهرست منابع قید نموده‌ام بارور ساخته و همه جا استنتاجات مباحث را به نظریّات علمی متخصّصان امر ارجاع داده‌ام.
۷- از آنجا که توجّه به مبحث اعجاز علمی قرآن کریم اساساً در حوزه‌ی علمی و دانشگاهی عرب زبان شکل گرفته، پرورانده شده و تکامل یافته است و از سویی منابع در باره‌ی این موضوع به زبان فارسی در دسترس بنده نبود و منابع موجود به زبان‌های دیگر جز زبان عربی نیز برایم قابل استفاده نمی‌باشد لذا غالب اتّکایم در این مبحث بر منابع عربی، اعم از کتب، مجلات و سایت‌های انترنتی عربی زبانی بوده است که در فهرست بدانها ارجاع داده‌ام.
۸- با عنایت به شیوه‌ی طرح مفاهیم در قرآن کریم، روش ترتیب عناوین بیشتر ناظر بر تنوّع موضوعی مطالب می‌باشد. پس از آنجا که از توالی عناوین بر اساس وحدت موضوع تعمداً صرف نظر نموده‌ام، طبیعی است که خواننده، عناوین مربوط به یک بُعد از ابعاد اعجازی قرآن کریم را چه بسا در اوّل، وسط، یا آخر کتاب مرور نموده و باز در جایی دیگر، از نگاه و زاویه‌یی دیگری به همان موضوع رو به رو شود. اما به هر حال، تسلسل و انسجام لازم در طرح مباحث، در آن حدی که تناسق ذهنی خواننده را تأمین نموده بتواند، رعایت گردیده است.
۹- با آنکه کتاب حاضر، حاوی مطالب متنوعی پیرامون اعجاز علمی آیات قرآن کریم می‌باشد اما هرگز یک کار جامع در این زمینه نیست. پس آنچه در این کتاب ارائه می‌شود، فقط قطره‌یی از اقیانوس بی‌کران اعجاز علمی قرآن کریم است و بنابراین نه کسانی که نگارنده از آثارشان در این تألیف بهره برده است، دعوی احاطه بر این اقیانوس را دارند و نه هم هیچ بشر دیگری می‌تواند در برابر این کتاب معجز الهی، چنین داعیه‌یی را بنانهد.
پروردگار بزرگ این کتاب را وسیله‌ی تقویت ایمان مؤمنان گردانیده، آن را برای رضای خویش از ترتیب دهنده‌ی آن بپذیرد و رحمت و مغفرت بی‌پایان خود را شامل حال وی و جمله پیروان قرآن گرداند.
آمین یارب العالمین