اصول و قواعد وارده در قرآن و سنت برای تحقیق در زمینه اعجاز علمی
۱- مراعات معانی لغوی مفردات نصوص، آنگونه که در اوایل نزول وحی بیان شده و نیز مراعات قواعد نحوی و دلالت‌های آن و قواعد بلاغی زبان عربی، مخصوصاً قاعده بلاغی زیر که می‌گوید: «اولویت اینست که همیشه معانی حقیقی کلمات لحاظ شود، مگر اینکه قرینه‌ای باشد که بر معنی مجازی دلالت کند».
۲- پرهیز از تأویل نصوص مربوط به اعجاز علمی که در قرآن آمده و یا مربوط به نبوت پیامبر ج می‌باشد.
۳- پرهیز از تطبیق قرآن با حقایق هستی، بلکه عرضه نمودن حقایق علمی بر قرآن که اگر موافق قرآن بود، پذیرفته شده، در غیر این صورت، مردود است.
۴- پرهیز از تفسیر قرآن بر مبنای فرضیه‌های ثابت نشده علمی، که تحت بررسی و کنکاش می‌باشند و به طریق اولی استفاده از حدسیات و گمانه‌زنی‌ها در تفسیر قرآن، مجاز نیست، زیرا همیشه در حال تغییر و تبدیل و بلکه در معرض ابطال هستند.
البته اینکه، زمینه‌های مختلف اعجاز علمی، گاهاً تحت‌تأثیر نقص و ایراد، واقع می‌شوند، نباید مجوزی برای خط بطلان کشیدن بر کل قضیه اعجاز علمی گردد، بلکه مسؤولیت علما و دانشمندان اسلامی را بیشتر کرده که تلاش خود را برای خدمت به قرآن و سنت در زمینه دانش‌های گیتی شناسی به کار برده و همانند سلف صالح که در زمینه لغت، اصول، فقه و سایر علوم شرعی خدمات شایسته، انجام داده‌اند، آنان نیز دَین خود را ادا نمایند، چرا که در مقابل معجزه‌ای بزرگ و علمی واقع شده‌ایم که پیشتازان عرصه علم و تکنولوژی در عصر حاضر نیز در برابر آن سر تسلیم فرود آورده‌اند.
از طرف دیگر، دشمنان اسلام، مطالب بی‌اساس وارده در مورد اعجاز علمی قرآن و سنت را وسیله‌ای برای خدشه‌دار کردن آیات و احادیث قرار داده و نظریه‌های علمی ثابت نشده را مبنای کار خویش قرار می‌دهند. لذا بر محققین عرصه اعجاز علمی، لازم است که پس از تحقیق و تأمل فراوان و اطمینان از نتایج نظریه‌ها به ارتباط آیات و احادیث با مقوله‌های علمی بپردازند و نظریه‌هایی را که در باب علم، هیچ ریشه‌ای ندارند، به کار نگیرند.
خلاصه کلام آنکه، تفسیر علمی قرآن و سنت، اگر بر فرضیه‌های ثابت نشده تکیه داشته باشد، مردود و ناپایدار است و از ارزش علمی برخوردار نیست و همچنین اگر از قواعد و اسلوب زبان عربی هم خارج باشد و مفردات قرآن براساس مدلول وارده در زمان پیامبر ج، تفسیر نشود باز مردود است و یا اگر شخصی معاصر که تحقیقات علمی را مبنا قرا داده و قرآن را بر آن عرضه می‌کند و با این روش به تفسیر قرآن روی آورد، تفسیری غیرمقبول ارائه می‌دهد، یا اگر مدلولات قرآن و حدیث صحیح را انکار کند و یا از هر شخصی غیرمحقق که هنوز به ثبات نظری و علمی نرسیده و خود را دارای علم و تخصص می‌داند در حالیکه علم از او بیزار است، مطلبی نقل کند، تفسیر را مردود و نامقبول می‌کند. اما اگر شخصی به قواعد زبان عربی و محدوده لغات و اصول تفسیر و حدود شریعت پایبند باشد، تفسیری مقبول، ارائه خواهد داد، شخصی که، تحقیق و احتیاط و دقت که خصوصیات هر متفکر قرآن پژوه است، وجه تمایز او باشد. همچنین تفسیر قرآن درست خواهد بود اگر شخصی به قرآن و سنت آگاه و به حقایق علمی و تجربی نیز تسلط داشته باشد و لازم است که نص مورد بحث دارای دلالت و ثبوت قطعی بوده و جنبه علمی مورد بحث هم، قطعی و یقینی باشد و رابطه میان آنها به صورت عادی و کامل باشد، نه آنکه با توجیهات ساختگی به هم ربط داده شده باشند.