در لشکر امیرخان
برای هدفی که حق تعالی حضرت سید آقا را آفریده بودند و علاقه‌ای که ایشان برای جهاد داشتند و برنامه‌هایی که مدنظر داشتند نیاز به تمرین عملی و پختگی بیشتر و آموزش کافی داشت، برای این کار یک میدان واقعی جنگ نیاز بود.
در سال(ق هـ ۱۲۲۶)/(م ۱۸۱۱) ایشان برای سفر دوم به دهلی رفتند پس از اقامت چند روز در دهلی، با رای شاه عبدالعزیز به لشکر نواب امیرخان (که او در راجپوتانه مالوه به لشکرکشی و تهاجم مشغول بودند) شریک شدند جهت آموزش تمرین‌های جنگی و پیشبرد هدف مبارزه‌ی مسلحانه و جلوگیری از استعمار روز افزون انگلیسی‌ها، همراهی و رفاقت این نواب را اختیار کردند. نواب امیرخان یکی از سرداران با همت نژاد افغانی از محل سنبل (روحی لکند) بودند که گروهی متشکل از افراد با همت، ماجراجو، رفیق باوفا را به دور خود جمع کرده بودند و به قدرتی رسیده بودند که خیلی‌ها از استانداران به کمک او نیاز داشتند و نیز انگلیسی‌ها این نیروی روز افزون را نمی‌توانستند نادیده بگیرند.
حضرت سید آقا در لشکر امیرخان شش سال ماندند و در این مدت به عبادت، ریاضت، زندگی نظامی، و اصلاح، و ارشاد مردم، مشغول بودند. با سعی و تلاش و توجهات ایشان، کل اردوگاه لشکر به مرکز دعوت و تبلیغ تبدیل شده بود، در حیات سربازان و حتی زندگی خود امیرخان تحول و دگرگونی بزرگی به وجود آمد.