در افغانستان
از شال به قندهار تشریف بردند. در آن‌زمان افغانستان در اختیار چند برادر بارک‌زئی (که معروف به درّانی بودند) بود. قندهار در دست پردل خان، غزنین در دست میرمحمد خان، کابل در دست دوست محمد خان و سلطان محمد خان و پیشاور در دست یارمحمد خان بود. بین این برادران، اختلاف عمیقی وجود داشت، هرچند گاهی باهم درگیر می‌شدند. یکی از فعالیت‌های مهم حضرت سید آقا، این بود که این برادران را آشتی داده، آن‌ها را برای مقابله با دشمنان اسلام و جهاد اسلامی، آماده کند. ایشان هنگامی که به قندهار رسیدند حاکم قندهار از ایشان استقبال گرمی به عمل آورد، علاوه بر او هزاران نفر، از علماء و اشراف شهر، پیاده به استقبال ایشان آمدند. در اثر هجوم مردم، خیابان‌ها بسته شد. ایشان چهار روز، در قندهار ماندند. هرشخص برای شرکت در جهاد تحت امر ایشان منتظر و بی‌قرار بود. سپس از قندهار به غزنین رفتند. حدوداً چهار صد نفر از علماء، فضلاء، طلاب و مدارس و مشایخ خانقاه‌ها، از ایشان استقبال پرشوری به عمل آوردند و برای فداکاری و جانفشانی همراه شدند. اما ایشان از بین آن‌ها، دویست و هفتاد نفر را تعیین نمودند و با خود بردند. در راه قندهار و غزنین ایشان برای محمدخان حاکم غزنین و سلطان محمد خان حاکم کابل نامه‌هایی ارسال فرمودند که در آن ورود خویش، برنامه‌ها و تقاضای کمک را به اطلاع رساندند. هنگام رسیدن به غزنین تعداد زیادی از سران شهر، اهل علم و فضل و مردم عادی پای پیاده، حدوداً به مسافت شش مایلی، برای استقبال ایشان، بیرون آمده بودند. ایشان متصل با آرامگاه سلطان محمود غزنوی اتراق نمودند و در همان محل به کثرت از مردم بیعت گرفتند.
پس از اقامت دو روزه در غزنین، به کابل تشریف بردند. آنجا نیز سران شهر، ارکان سلطنتی و هزاران نفر از مردم عادی برای استقبال خارج از شهر منتظر بودند. به علت هجوم مردم و اسب‌سواران به قدری گرد و غبار به هوا برخاسته بود که چیزی دیده نمی‌شد، سلطان محمد خان والی کابل علاوه بر سه برادر دیگر خویش با پنجاه نفر سواره نظام برای استقبال ایستاده بودند. ایشان در کابل چهل و پنج روز اقامت داشتند. پیوسته برای جهاد و تزکیه و اصلاح تبلیغ و موعظه می‌فرمودند. از همنشینی پُر برکت ایشان، مردم عام و خاص مستفید می‌شدند. و مردم با دیدن شور ایمانی، عشق جهاد، و سر دادن در راه مولای کریم، از افراد قافله‌ی ایشان، تحت تأثیر قرار گرفته با ایشان هم رکاب و شریک می‌شدند. ایشان در این مدت برای آشتی، بین برادران بارک‌زهی تلاش زیادی کردند و برای انجام این‌کار، به مدت شش هفته معطل شدند. اما متأسفانه در این وقفه موفق نشدند. ناچار شدند به سوی پیشاور حرکت نمایند، در بین راه شور و شوق گرمی استقبال مسلمانان همانند سفرهای گذشته برقرار بود. در پیشاور ایشان سه روز اقامت نمودند، به هشت نگر رسیدند. پس از اقامت چند روزه، در آنجا و تشویق مردم برای جهاد، به سوی نوشهره تشریف بردند. جایی که محبوب‌ترین عمل خویش و عبادت عظیم، یعنی جهاد را آغاز فرمودند. که هدف اصلی سفر و ثمره‌ی تلاش و دعوت و تبلیغ ایشان بود.