تجدید نظام شرعی و تأسیس امارت اسلامی
با دیدن این اوضاع و احوال افرادی که بدست سیدآقا بیعت کرده بودند، ایشان را امام و امیر خویش پذیرفته بودند، برکات و منافع این رکن عظیم اسلام واضح شد و عقید‌ه‌شان در این مورد راسخ‌تر گردید. احساس کردند که توسعه‌ی این نظام و پیشبرد و حدود اختیارات آن و استحکام بخشیدن پایه‌های آن ضرورت بیشتری دارد، به یقین می‌دانستند که اگر به نصرت بیشتر الهی نیاز است پس مسلمانان اطراف و جوانب را به پذیرفتن احکام شرعیه باید دعوت کرد و آن را باید تشویق کرد تا از رسوم جاهلانه‌ی افغانی و مراسم بیهوده‌ی بومی دست کشیدند، به احکام پرحکمت اسلامی رو آوردند، و از امام و رهبر خویش چنان اطاعت کنند که اثری از بدعات، منکرات و هواپرستی باقی نماند، آنگاه جهاد به هر جهت شرعی و موجب نزول امداد و یاری الهی خواهد شد.
سیدآقا در دارالسلطنت سواغت خهر بیش از یک سال بسر بردند، (جمادی الآخره ۱۲۴۳هـ.ق تا جمادی الآخره ۱۲۴۴هـ.ق) برای توسعه‌ی بیشتر نظام شرعی و استحکام آن به پنجتار تشریف بردند و آنجا برای انتصاب امیر و اطاعت او تاکید کردند، و در این مورد با علمای محل تبادل نظر فرمودند، آن‌ها در انجام این فریضه‌ی مهم به کوتاهی خویش اعتراف کردند، آنجا تعداد زیادی از علما و سران قبایل به سیدآقا بیعت شدند، در پنجتار بر فتح خان (که بخاطر او این محل انتخاب شده بود) اتمام حجت فرمودند که ما با همین شرط اینجا می‌توانیم بمانیم که شما از عادات و رسوم خانانه‌ی خویش که با دستورات اسلامی تضاد کامل دارد دست بردارید و آداب ارثی و رفتار جاه‌طلبانه‌ی خویش را کنار بگذارید، خودش را مانند یک فرد عادی از مسلمانان، پایبند دستورات شرعی بداند و اطاعت بکند و در هیچ موردی از برادران و بستگان خویش، حمایت بیجا نکند و سهل انگاری و نفاق را کنار بگذارد، سیدآقا برای علما و مدرسین بومی دعوت‌نامه ارسال فرمودند، که در اثر آن تقریباً دو هزار نفر از علما و همچنان حدوداً دو هزار نفر از طلاب‌شان اجابت کردند، به خدمت رسیدند. ایشان سرداران نامدار قبایل، اشرف خان و خاوی خان را هم دعوت فرمودند، در اوایل ماه شعبان کنفرانسی از علما، رؤسا و سران قبایل برپا شد، سیدآقا از علما و فقها وقت استفتا فرمودند که کیفر فردی که از فرمان امام سرپیچی و بر علیه او شورش و بغاوت بکند چیست؟ آن‌ها با صدور فتوایی ذیل ورقه را مُهر و امضا کردند. پس از نماز جمعه کلیه‌ی علما و سرداران قبایل بدست ایشان بیعت کردند، افرادی که قبلاً بیعت کردند مجدداً، بیعت کردند.
در جمعه سوم ۱۵ شعبان سال ۴۴هـ.ق، فتح خان، صاحب نظران و اهل حل و عقد، قبیله‌اش را جمع کرد که حضرت از همه‌ی آن‌ها بیعت گرفت و یکی از علمای پرهیزگار بنام مولانا سید محمد میر قاضی القضاة پنجتار منصوب شد، احکام کیفری شرعی به اجراء درآمد، اختلافات و درگیری‌ها در پرتو ضوابط اسلامی حل و فصل می‌شد، برای مؤاخذه‌ی تارکین نماز اوباش و اراذل محتسب مقرر شد، برکات بیشمار این نظام داشت بظهور می‌پیوست، اقتدار، شوکت و عظمت دین برپا شد، زمین و املاکی که از سال‌ها بلکه، قرن‌ها غصب شده بود، به صاحبان اصلی برگردانده شد، حقوقی که پایمال شده بود، آبرویی که ریخته شده بود، رسیدگی شد، این نظام در مدت کوتاهی کارهایی را انجام داد که دولت‌های مجهز و طولانی انجام نداده بودند، در اثر این احتساب و نظم، مردم به فرایض دینی پایبند شدند، حتی در کل روستا با تلاش و کنجکاوی هم، یک نفر بی‌نماز دیده نمی‌شد، خلاصه‌ی کلام پس از مدت‌ها هیبت دین و عظمت دین و عظمت احکام در دل نفوذ کرده بود.