خلافت حضرت علی کرم الله وجهه
در دومین روز شهادت حضرت عثمانسمردم با وی بیعت کردند. و کسانی از مهاجرین و انصار که در مدینه حضور داشتند، با طیب خاطر و رغبت با ایشان بیعت کردند. به جز گروهی که بنابر اجبار و تهدید شورشیان بیعت نمودند از آن جمله حضرت طلحه و زبیر هستند که فوراً عازم مکه شدند.
اهل شام خلافت او را قبول نداشتند و معتقد بودند که بیعت تمام مهاجرین و انصار بنابر اجبار شورشیان واقع شده است. در عهد خلافت ایشان جهاد با کفار کاملاً متوقف شد و در فتوحات اسلامی نیز فزونی واقع نگردید و متأسفانه تمام دوران خلافت با جنگ‌های داخلی سپری شد. سه جنگ برای ایشان رخ داد. اول جنگ جمل که در آن با ام‌المؤمنین عایشه و حضرت طلحه و حضرت زبیرشدرگیر جنگ شد. دوم جنگ صفیّن که در آن با حضرت امیر معاویهسواهل شام مقابله رخ داد. سوم جنگ نهروان که در آن با خوارج به مقابله برخاست. جنگ سوم ایشان مورد پسند و تأیید تمام صحابه واقع شد. و در برخی احادیث نسبت به این جنگ کلمات پسندیده و پیشگویی‌هایی نیز وارد شده است.
اما جنگ جمل و صفیّن را اکثر صحابه تأیید نکردند و آن را نپسندیدند. حتی افراد محتاط، از این جنگ‌ها کناره‌گیری کردند. وقتی که حضرت علیسحضرت عبدالله بن عمربرا برای همراهی خویش دعوت نمود و ارتباط خود را با پدرش حضرت عمر فاروق بیان داشت، وی در جواب مرقوم داشت: ای ابوالحسن! به خدا سوگند! اگر شما مرا دستور دهید که دست در دهان اژدها بگذارم من حاضرم، اما اگر شما بخواهید که من شمشیر را بر علیه گویندة لا إله إلا الله بردارم این از دست من برنمی‌آید. و صحابة دیگر نیز چنین عمل کردند که از هیچ فریقی جانبداری نکنند. این جماعت به نام «قاعدین» (گروه بی‌طرف) ملقّب شدند. بعد از جنگ صفیّن، تمام کشور از تصرف حضرت علیسخارج شد. و جز کوفه و حوالی آن محل دیگری در تصرفشان باقی نماند. قسمتی از وقایع جنگ جمل و صفیّن مرقوم خواهد شد تا معلوم گردد کسانی که این جنگ‌ها را وسیله بدگویی صحابه کرام قرار داده‌اند چقدر در گمراهی و نادانی گرفتارند.