ترتیب آیات و سوره‌های قرآن
تقریبا همه‌ی دانشمندان اسلامی متفقند که آیات قرآن به همین ترتیبی که در مصحف وجود دارد توقیفی است یعنی ترتیب آیات از طرف خداوند عزوجل به رسول‌الله جوحی شده است چنانکه روایتهای متعددی که به حد تواتر رسیده وارد شده است، مبنی بر اینکه هر وقت آیه‌ای نازل می‌شد رسول‌الله جبه نویسندگان وحی دستور می‌داد در جای مشخصی از یک سوره قرار دهند و صحابه کرامش نیز بر ترتیب مصاحف حضرت عثمانساتفاق کردند و از کسی خلافی شنیده نشده اما در صورتیکه اختلافی بین این مصاحف و نزول قرآن وجود داشت، و یا ترتیب قرآن اجتهادی بود حتماً در مورد آن اختلاف می‌کردند، لذا اتفاق صحابه در این مورد دال بر توقیفی بودن آن است.
اما در مورد سوره‌های قرآن اختلاف است که آیا ترتیب آنها توقیفی است یا اینکه به اجتهاد صحابه تعیین شده است: بعضی می‌گویند: اجتهادی است، و بعضی دیگر قسمتی از ترتیب سوره‌های قرآن را توقیفی و قسمت دیگر را اجتهادی می‌دانند، و استنادشان به روایت ابن عباسب است که می‌گوید: از حضرت عثمانسپرسیدیم چرا سوره انفال را در بین سوره‌های طولانی آورده‌ای و بین آن و بین سوره توبه «بسم الله الرحمن الرحیم» ننوشته‌ای؟ او در جواب گفت: چون دیدم موضوع هر دو سوره شبیه هم است و رسول‌الله جهم در میان ما نیست و برای ما تعیین نفرمود که کجا قرار داده شود، این دو را پشت سرهم گذاشتیم و در بین آنها «بسم الله الرحمن الرحیم» ننوشتیم.
این حدیث چندان مورد اعتماد نیست زیرا تمامی راههای روایت آن به شخصی به نام «یزید الفارسی» منتهی می‌شود و شیخ احمد شاکر در تعلیقی که بر مسند امام احمد/دارد. درباره این حدیث گفته است (اصلی ندارد).
اما بهترین قول، نظر گروه سوم است که می‌گویند: ترتیب همه‌ی سوره‌های قرآن توقیفی است زیرا در احادیث صحیح زیادی ترتیب اکثر سوره‌های قرآن وارد شده است مثل احادیث فضل سوره‌ی بقره و آل‌عمران، و سوره‌ی اخلاص و معوذتین، و سوره‌ی جمعه و منافقون، و ترتیب حزب مفصل، و روایتهای متعدد دیگر.