رابطه با حکومت:
او هم مانند بخاری بی‌طرف و گوشه‌گیر بوده یعنی وقت خود را بیشتر صرف کسب و نشر علم نموده، حتی وقتی که شیخ ذهلی از امام بخاری بدبین شد و بالأخره امیر بخارا هم از او بدبین گردید منع می‌کردند کسی با بخاری تماس داشته باشد، با این وجود امام مسلم به خدمت او می‌شتافت و از لومۀ لائم خوف نمی‌کرد.
فرید وجدی در دائرة المعارف خود گوید: به محمد بن یحیی خبر رسید که مسلم بر مذهب بخاری است قدیماً و حدیثاً، روزی که مسلم در مجلس محمد ابن یحیی بود، محمد در خاتمه مجلس گفت: بیدار باشید کسی که به لفظ بگوید: «اَلْقُرْآنُ مَخْلُوقٌ بِاللّفْظِ» حلال نیست در مجلس ما حاضر شود. مسلم ردای خود را بر عمامه انداخت و بر رؤس مردم به پا خاست و از مجلس او بیرون رفت و هرچه را از او نوشته بود جمع کرد و آن را به پشت حمالی نهاد و فرستاد به در خانۀ محمد بن یحیی، به این جهت وحشت امام مسلم نسبت به او زیاد شد از او و زیارت او تخلف کرد.
در شذرات الذهب گوید [۱۴۶]: محمد بن یحیی ذهلی نیشابوری از اعیان حفاظ بود که بخاری و مسلم و ابوداود و ترمذی و نسائی و ابن ماجه از او روایت کرده‌اند، و او ثقه بود، و باز می‌گوید: بخاری در مقدار سی موضوع از او روایت کرده، در موضوع صوم و طب و جنائز و عتق و غیره، ولی تصریح به اسم او نکرده و نگفته است حدثنا محمد بن یحیی ذهلی بلکه گفته است: حدثنا محمد و دیگر بقیه را اضافه نمی‌کند.
[۱۴۶] تألیف ابی الفلاح عبدالحی بن العماد الحنبلی.