آثار علمی و تألیفات او
۱- صحیح ترمذی [۱۸۵]که مهمترین تألیفات او می‌باشد و جامع پنج هزار حدیث است، او در علم حدیث زبردست بوده و به ملاحظات نقد ممتاز و مواضع خلاف بین مذاهب را در این کتاب بیان کرده است، شرح‌هایی بر این کتاب نوشته‌اند از جمله شرح «تحفة الأحوذی» لِلمبارکفوری الهندی متوفی به سال ۱۳۵۳ هجری می‌باشد.
در مقدمۀ صحیح ترمذی [۱۸۶]آمده: قاضی ابی بکر بن العربی در آغاز شرحی که بر صحیح ترمذی نوشته و «عارضة الأحوذی» نام داده و فصل نفیسی در مدح کتاب ترمذی نوشته و از آن به خوبی توصیف کرده است [۱۸۷].
امام ترمذی گوید: این کتاب را بر علماء حجاز و عراق و خراسان عرضه کردم به آن راضی بودند، و کسی که کتاب من در خانۀ او باشد مثل این که پیغمبر در خانۀ اوست و صحبت می‌کند [۱۸۸].
در شرح تاج الأصول و مقدمۀ ترمذی آمده که امام ترمذی گفته است: این کتاب را بر علماء عراق و خراسان و حجاز نشان دادم به آن راضی بودند و آن را نیکو و مستحسن دانستند: مَنْ كانَ في بيته هذا الكتاب فكأنما في بيته نبيٌ يتكلم [۱۸۹].
کسی که این کتاب (صحیح ترمذی) در خانۀ او باشد مثل این که پیغمبری در خانۀ اوست، و حرف می‌زند، این کتاب در مصر و قاهره و هند چاپ شده و برآن شرح‌ها نوشته‌اند.
۲- العلل: نصف این کتاب را در سمرقند تألیف کرده و در عید اضحی سال ۲۷۰ آن را به پایان رسانده است [۱۹۰].
۳- الشمائل المحمدیه: که در کلکته و اسلامبول و فاس و دهلی چاپ شده است، و محمد بن قاسم جسوس شرحی به نام الفوائد الجلیلیة البهیة علی الشمائلِ المحمدیة بر الشمائل او نوشته و هردو در قاهره به چاپ رسیده‌اند.
۴- کتاب التاریخ: کتاب التاریخ را در فهرست ابن ندیم یافتم در معجم المؤلفین عمر رضا کحاله آمده از تصانیف او است:
الجامع الصحيح، والشمائل في شمائل النبي جوالعلل في الحديث.
۵- رساله‌ای در خلاف و جدل (الجرح والتعدیل)، و تاریخ حافظ عمادالدین ابی الفداء در تاریخ البدایه والنهایه [۱۹۱]گوید: او مصنفات مشهوره ای دارد از قبیل: الجامع، الشمائل، أسماء الصحابه وغیر ذلک.
۶- الزهد.
۷- الأسماء والکنی. وغیر ذلک.
ابن حبان در کتاب الثقات گوید: ابوعیسی از کسانی بود که جمع کرد و حفظ کرد و مذاکره نمود، عمر رضا کحاله گوید: او محدث و حافظ و فقیه و مؤرخ بود. علامه طاش کبری زاده در کتاب مفتاح السعاده گوید: او یکی از اعلام علماء حفاظ بود و در فقه ید صالحی داشت، حدیث را از جماعتی از ائمه اخذ نمود و به درجۀ صدر اول از مشایخ رسید [۱۹۲].
ابوسعید ادریسی گوید: ابوعیسی در حفظ، ضرب المثل بود [۱۹۳]. حاکم گوید: از عمر بن علک شنیدم گفت: «مات البخاري فَلَم يَخلف بخراسان مثل أبي عيسى» در علم و حفظ و ورع و زهد، و او اینقدر از خوف خدا گریست تا این که بینایی را از دست داد و چندسال به ضریری باقی ماند رحمه الله تعالی.
[۱۸۵] مقدمۀ صحیح ترمذی صفحۀ ۸۷ آمده: وفي كشف الظنون في الكلام عن «الجامع الصحيح» للترمذي وهو ثالث الكتب الستة في الحديث وقد اشتهر بالنسبة إلى مؤلفِهِ، فيقال: جامع الترمذي ويقال له: السنن أيضاً والأول أكثر. [۱۸۶] مقدمۀ صحیح بخاری به قلم احمد محمد شاکر صفحۀ ۸۹. [۱۸۷] از جمله گفته: وفيه أربعة عشر علماً وذلك أقرب إلى العمل وأسلم: أسند وصحح وضعف وعدد الطرق وجرح وعدل واسمى وأكنى ووصل وقطع وأوضح المعمول به والمتروك وبين اختلاف العلماء في الرد والقبول لأثاره، وذكر اختلافهم في تأويله، وكل علم من هذا العلوم أصل في بابه، وفرد في نصابه.صفحۀ ۹۰. [۱۸۸] در شرح تاج الاصول صفحۀ ۱۵ اینطور از امام ترمذی منقول است: مَنْ كانَ في بيته هذا الكتاب فكأنما في بيته نبيٌ يتكلم. [۱۸۹] در مقدمۀ صحیح ترمذی به قلم احمد شاکر آمده: ابوعلی منصور بن عبدالله خالدی از ترمذی نقل کرده که در شأن کتابش (الجامع) گفته: صنفت هذا الكتاب فعرضته على علماء الحجاز والعراق والخراسان فرضوا به، ومَنْ كانَ في بيته هذا الكتاب فكأنما في بيته نبيٌ يتكلم. صفحۀ ۸۸. [۱۹۰] البدایه والنهایه جزء ۱۱ صفحۀ ۶۷. [۱۹۱] جزء ۱۱ صفحۀ ۶۶ البدایه والنهایه. [۱۹۲] مقدمۀ صحیح ترمذی به قلم احمد شاکر صفحۀ ۸۶. [۱۹۳] ادریسی گفته: شنیدم از ابی بکر محمد بن احمد بن حرث مروزی فقیه که می‌گفت: از احمد بن عبدالله ابی داوود مروزی شنیدم می‌گفت: از ابی عیسی محمد بن عیسی حافظ شنیدم که می‌گفت: در راه مکه بودم و دو جزء را از احادیث یکی از مشایخ نوشتم و آن شیخ به نزدیکی ما عبور کرد و پرسیدم، گفتند: فلان شیخ است. پیش او رفتم و گمان کردم دو جزئی که از او نوشته‌ام همراه دارم و دو جزء را در محل گذاشته بودم، فکر کردم همان دو جزء او می‌باشند هنگامی که به حضور او رسیدم از او پرسیدم و به من جواب داد، چون نگاه به دو جزء کردم دیدم سفید هستند و عوضی برداشته‌ام تعجب کردم، سپس شیخ در حفظ آن احادیث را بر من قرائت می‌نمود، و مرا نگاه می‌کرد و دید دو جزئی که در دستم می‌باشد سفید هستند بعد گفت: از من خجالت نمی‌کشید، گفتم: نه و قصۀ خویش را برایش بیان کردم و گفتم: همۀ آن احادیث را حفظ دارم. گفت: بخوان، پس همۀ آنچه برایم خوانده بود مرتب برایش خواندم باور نکرد و گفت: قبلاً آن را حفظ کرده‌ای، پس گفتم: احادیثی غیر از این برای من بخوان، سپس چهل حدیث از غرائب حدیث را برای من خواند، بعد گفت: پس این‌ها را بخوان، و من همۀ ان را آن طوری که تقریر کرده بود از اول تا آخر برایش بازگو کردم و حتی از یک حرف هم خطا نکرده بودم، پس گفت: من مثل شما را ندیده ام. مقدمۀ صحیح ترمذی صفحۀ ۸۵. در پاورقی نوشته، در الانساب و التهذیب و تذکرة الحفاظ این حکایت نیز آمده است.