سلطان سنجر ۵۱۱-۵۵۲
مدت حکمداری سنجر که قریب شصت و دو سال طول کشید به دو دوره تقسیم می‌شود. دوره اول از سال ۴٩۰ تا ۵۱۱ ه. ق که سنجر عنوان ملکی و از جانب برادران فقط امارت داشت و به لقب ناصرالدین ملقب بوده است. دوره دوم از سال ۵۱۱ تا ۵۵۲ که ایام سلطنت و ریاست اوست بر کل ممالک سلجوقی با القاب معزالدین و سلطان السلاطین و قبل از این تاریخ سنجر را ملک مشرق می‌خواندند.
سلطان سنجر و سلطان محمود و سلطان برکیارق و سلطان محمد هر چهار نفر پسران ملک‌شاه بودند که بهنگام وفات ملک‌شاه سلطان سنجر ده ساله بود. سلطان سنجر سلطانی عادل و دیندار بود. در عهد او کارها بر جاده سنت و سیاست و نهج معدلت قرار گرفت. امور شریعت محمد جو احکام ملت اسلام، بر طریق اوامر و نواهی الهی طراوات کل یافت و زمین خراسان و عراق و ماوراءالنهر بغایت آبادان شد. از حدود خطای و ختن تا اقصای شام و از بحر خزر تا ملک یمن در حوزه تصرف او شد. مسترشد خلیفه عباسی او را سلطان معزالدین سنجر برهان امیرالمؤمنین لقب داد. در ابتدای پادشاهی بهرام‌شاه غزنوی سلطان سنجر به او کمک کرد و وی را به حکومت غزنویان رسانید. به این ترتیب حوزه نفوذ وی حتی از پدر و پدربزرگش نیز فراتر رفت. سلطان سنجر در حقیقت تربیت یافته امام محمد غزالی است و وی کتاب نصيحة الملوک را برای او نوشت. این سلطان بزرگ در طول ۶۲ سال حکفرمایی خود نوزده جنگ کرد که در هفده جنگ پیروز بود. در سال ۵۳۶ در قطوان سمرقند در جنگی که بین سلطان سنجر و ترکان قراختایی بت‌پرست روی داد بر اثر مخالفت لشکریان سلطان سنجر شکست در سپاهیان وی افتاد و ماوراءالنهر از دست وی خارج شد. در این جنگ صدمات شدیدی به حکومت سنجر وارد شد که قابل جبران نبود.
در سال ۵۴۸ سلطنت سنجر علیرغم اینکه قصد جنگ با ترکان غز را نداشت در اثر اصرار بعضی از فرماندهان خود مانند پرنقش با آنها جنگ کرد. چرا که غزهای بت‌پرست از پرداختن مقرری سالیانه خودداری کرده بودند ولی بعد از آنکه سلطان با صد هزار سپاهی به سراغ آنها رفت از کرده خود پشیمان شدند و از او طلب بخشش کردند. اما سلطان بر اثر اصرار جمعی از فرماندهاش با آنها جنگ کرد. در این جنگ نیز مانند جنگ قطوان بعضی از امرا در جنگ سستی کردند و از میدان جنگ فرار نمودند بهمین خاطر سلطان از غزان شکست خورد و بدست آنها اسیر گشت. اما غزان او را دوباره بر تخت نشاندند و مدت تقریباً چهار سال خود بنام سلطان حکومت کردند.
آنها در این مدت خرابی‌های بی‌شماری کردند بسیاری از علماء و بزرگان را در زیر شکنجه بشهادت رساندند. از جمله امام محمدبن یحیی که با پر کردن دهان وی از خاک او را شهید کردند و خاقانی در حق او گفته است:
در ملت محمد مرسل نداشت کس
فاضل‌تر از محمد یحیی فنای خاک
آن کرده گاه تهلکه، دندان فدای سنگ
وین کرد، روز قتل، دهن را فدای خاک
در سال ۵۵۱ سلطان سنجر بنام رفتن به شکار خود را از دست غزان آزاد کرد و امرایش را جمع‌آوری نمود و به مرو رفت، اما چون سلطان دیگر پیر شده بود و ولایات خراب گشته و وی در ۲۶ ربیع‌الاول سال ۵۵۳ ه. ق درگذشت. ممالک سلجوقی دیگر روی وحدت ندید.
امیر معزی می‌گوید:
وفات شاه جهان سنجر نکوسیرت
که بود در چمن خسروی خرامان سرو
بروز شنبه چهار از ربیع‌الاول بود
بسال پانصد و پنجاه و سه بخطه مرو
سلطان هنگام مرگ هفتاد و دو سال داشت.
دولت وسیع سلجوقیان که از بدو اسلام تا تاریخ تأسیس این سلسله دولتی به آن عظیمت تشکیل نیافته بود در ماوراءالنهر و توران و خراسان و عراق رویهمرفته ۱۶۱ سال طول کشید از سال ۴۲٧ تا ۵٩۰ با مرگ طغرل سوم.
طغرل اول و آلب ارسلان و ملک‌شاه و برکیارق و محمد و سنجر را که در عهد ایشان جمیع ممالک سلجوقی از کاشغر تا انطاکیه تحت یک امر بوده سلاجقه بزرگ و فرزندان و فرزندزادگان محمد را که در ری و همدان و کردستان سلطنت می‌کرده‌اند. سلاجقه عراق می‌خوانند. سلاجقه عراق تا انقراض سلاجقه بزرگ جزو آنها بودند بعد از آن مستقل عمل کردند.