ظهور مذاهب شیخیه – بابیه – بهائیه
در اوایل دورۀ سلطنت فتحعلی‌شاه یکی از علمای شیعه از احساء بحرین بنام شیخ احمد بن زین‌الدین که مردی فصیح و فاضل ولی در تشیع خود راه افراط و غلو می‌رفت پس از مقیم شدن در عتبات به نشر عقایدی دربارۀ اصول دین پرداخت که با عقاید علمای سابق شیعۀ امامیه فرق داشت، بدین معنی که او از اصول دین توحید و نبوت و امامت را پذیرفت ولی منکر عدل و معاد (معاد جسمانی) شد و گفت که عدل هم مانند سایر صفات ثبوتیۀ خدا است و علت ندارد که آن را رکنی از ارکان دین قرار دهند و معاد جسمانی را هم بدان علت که بدن پس از مرگ نابود می‌شود، منکر بود و می‌گفت: تنها از انسان مادۀ لطیفی به جا می‌ماند و در این صورت در قیامت رستاخیز جسم ممکن نیست. در عوض شیخ احمد احسائی اعتقاد به رکن دیگری را که پیروان او رکن رابع می‌خوانند لازم و از جمله اصول دین می‌شمرد، و آن عقیده به یک نفر وکیل یا نایب از میان شیعیان کامل بود که بین سایر شیعه و امام غایب واسطه باشد و شیخ احمد احسائی در این ایام خود را شیعۀ کامل می‌دانست. پیروان شیخ احمد احسائی را شیخیه می‌خواندند. پس از شیخ احمد ریاست فرقۀ شیخیه به یکی از شاگردان او بنام حاج سید کاظم رشتی رسید و سید تا سال۱۲۵٩ ه. ق که فوت کرد در این سمت بود. بعد از وی بین دو تن از شاگردان او در باب جانشینی استاد رقابت درگرفت و هر کدام این مقام را از آن خود می‌دانستند، یکی حاج محمد کریم خان قاجار و دیگری سید علی محمد شیرازی. سید علی محمد به جای عنوان شیعۀ کامل و رکن رابع خود را باب خواند و غرض او از اختیار این کلمه که از زمان غیبت کبری وکلای امام غایب را به همان عنوان خوانده بودند، آن بود که او وسیلۀ ارتباط یافتن با امام غایب و راه وصول به این فیض است. حاج محمد کریم‌خان همچنان به ریاست شیخیۀ اصحاب شیخ احمد و سید کاظم ماند، در صورتی که سید علی محمد به تدریج به تأسیس مذهبی تازه که بابیه خوانده شد قیام نمود. ظهور ادعای سید محمد علی در سال ۱۲۶۰ ه. ق اتفاق افتاده. اندکی بعد از قیام، سید علی محمد پای ادعا را بالاتر گذاشته خود را همان امام غایب دانست که در طی هزار سال شیعیان انتظار ظهور او را داشتند و کتابی آورد بنام بیان که آن را به زعم خود نسخ‌کنندۀ قرآن مجید می‌پنداشت. دعوت سید علی محمد در بوشهر و شیراز و بعضی دیگر از نقاط ایران پیروانی پیدا کرد از آن جمله، منوچهرخان متعمدالدولة باب را به اصفهان خواند و او را تحت حمایت خود گرفت. در سال ۱۲۶۳ ه. ق به امر محمدشاه باب را از اصفهان به آذربایجان بردند و در قلعۀ چهریق زندانی کردند. امیر کبیر برای دفع بابیه که باعث اختلال امنیت غالب ولایات شده بودند مأمورینی فرستاد و در همه جا رؤسای ایشان را به دست مأمورین مغلوب و مقتول کرد. وی مقاومت بابیه را در مازندران و زنجان در سال ۱۲۵۶ ه. ق درهم شکست و قلعه‌های ایشان را گرفت. پس ازکشته شدن سید محمد علی بین پیروان او بر سر جانشینی باب اختلاف افتاد. جمع کمی جانب میرزا یحیی معروف به صبح ازل را گرفتند و طایفه‌ای دیگر که اکثریت یافتند تابع میرزا حسینعلی بهاءالله شدند و این دو تن از اهل نور مازندران و از پدر برادر یکدیگر بودند و از ابتدا نیز باهم موافقت داشتند لیکن کمی بعد بین ایشان رقابت در گرفت و اتباع بهاءالله یعنی بهائیه به دشمنی با پیروان صبح ازل یعنی ازلیه قیام نمودند و ازلیان در اقلیت افتادند.