علل انقراض سلجوقیان در ایران
۱- ملحدان اسماعیلی: آن‌ها با ترور افراد کلیدی حکومت سلجوقیان مانند خواجه نظام‌الملک و فرزندانش پایه‌های حکومت سلجوقیان را سست کردند.
۲- قدرت‌طلبی دوباره عباسیان: بعد از آنکه سلجوقیان خلافت عباسی را از خطر انقراض نجات دادند. خلفای عباسی روز بروز بر قدرت سیاسی و نظامی خود افزودند و در آخر دوران سلجوقی خواهان برچیده شدن حکومت آن‌ها شدند.
۳- فرمانروایان سلجوقی: امرای ترک و اتابکان در ولایات گوناگون مانند شام و روم و فارس و خوارزم قدرت خود را تحکیم بخشیده و در پاره‌ای از موارد مان‌های موروثی تشکیل دادند.
۴- ضعف قدرت واقعی سلاطین سلجوقی بعد از سلطان سنجر به علت اختلافات شدید افراد دودمان آن‌ها برای سلطان شدن و جنگ‌های داخلی آن‌ها با همدیگر و وابستگی نظامی آن‌ها به امرای ترک.
ایران در دوران سلاجقه بزرگ درخشان‌ترین عصر تاریخ خود را گذراند در این عصر از هر حیث چه علمی چه اقتصادی و آبادانی و امنیت عمومی غیر از عصر اول اسلامی هیچ عصری را نمی‌توان با عصر مذکور مقایسه کرد نه در تاریخ ایران و به جرأت می‌توان گفت حتی در تاریخ تمامی جهان اینجانب که تاریخ عمومی تمام جهان را از روی منابع معتبر بین‌المللی مانند تاریخ بزرگ جهان کارل گرینبرگ و تاریخ تمدن ویل دورانت و تاریخ عمومی آلبرمانه و... را مطالعه کرده‌ام نظیر آندوران را ندیده‌ام. اغتشاشات و ناآرامی و خشونت‌های که در آن عصر بوده همگی از طرف بت‌پرستان و ملحدان اسماعیلی صورت گرفته است و شاهد مدعای ما در این مورد اخیر کتاب النقص عبدالجلیل قزوینی شیعه مذهب می‌باشد که در قرن ۶ ه. ق می‌زیست. وی در صفحات ۱۴۸ تا ۱۴٩ کتاب مذکور می‌نویسد: صلح سلطان سنجر با ملاحده به آن‌ها جرأت داد که مردم را در تنگنا قرار دهند. آن‌ها با بستن راه بر کاروان‌های حج در سال ۵۵۳ هـ چهار صد و هشتاد و چند تن از حاجیان را شهید کردند.
کینه صباحیان به مسلمانان در بسیاری از تواریخ مانند تاریخ گزیده است آمده است از جمله [۳۴]: در شهر اصفهان مردی پیر نابینا که او را علوی مدنی می‌گفتند در آخر کوچه‌ای تاریک و بن‌بست خانه‌ای داشت. شب هنگام بر در آن کوچه می‌ایستاد و دعا می‌کرد تا کسی وی را به خانه‌اش رساند. مردم تقریباً الی الله او را بخانه‌اش می‌بردند. جمعی از آن خانه فرد یاریگر را گرفته و با شکنجه می‌کشتند. جماعتی بسیار با این فریب کشته شدند. مردم نزدیکانشان را از دست می‌دادند و دیگر آن‌ها را پیدا نمی‌کردند و این عمل وحشت بزرگی را در اصفهان بوجود آورده بود. از قضا زنی از آن خانه چیری خواست، ناله‌ای شنید تصور رنجوری در آن خانه کرد. قوم خانه از بیم آنکه احوال ایشان ظاهر گردد، قصد کردند که آن زن را گرفته و بکشند. ولی زن از دست آن‌ها در رفت و جریان را به مردم گفت. مردم هم که در این جست و جوی بودند روی بدان خانه نهادند. علوی مدنی و زنش و بعضی از آن ملاحده را گرفتند ولی بعضی از ملحدین موفق به فرار می‌شوند. در آن خانه سرداب‌ها و چاه‌ها یافتند، پر از مردم کشته شده و آویخته شده و یا به چهار میخ کشیده شده، القصه مردم اصفهان آن ملحدین را کشتند و هر که خویش خود را بشناخت ببرد و بگور کرد.
[۳۴] تاریخ گزیده، حمدالله مستوفی، ص ۴۴۵، ۲- تاریخ ایران سرپرسی مایکس، تاریخ مردمان ایران، زرین‌کوب.