خمینی ملحدان را تأیید کرده و مورد اعتماد می‌داند
خمینی در حالی به بهترین افراد امت طعنه وارد می‌کند و به خلافت اسلامی حمله می‌کند که ملحدین فرومایه را تعریف و تمجید می‌کند. مثلاً به نصیرالدین طـوسی و خدمات خیالی‌اش به اسلام اشاره می‌کند و می‌گوید: «مردم با از دست دادن خواجه نصیرالدین طوسی و امثال او که خدمات بزرگی به اسلام نمودند، دچار خسارت و زیان شدند»[١٣٨].
طوسی همان محمد بن حسن بن خواجه نصیرالدین طوسی (٥٩٧-٦٧٢) است که با دشمن خدا، ابن علقمی و مستشارش ابن ابی‌الحدید، در کشتار عمومی و وحشتناکی که هلاکوی مشرک بر امت محمد ج مرتکب شد، دست داشت. این قتل و کشتار در سال ٦٥٥ و در بغداد با خیانت ابن علقمی و مستشارش و تشویق این فیلسوف ملحد، نصیرالدین طوسی انجام شد و زمانی بود که هلاکو بر بغداد دست یافت.
نصیرالدین طوسی قبل از آن، از ملحدهای اسماعیلیه درمنطقه جبل و قلعه‌ی اَلَموت بود و کتابش را (الأخلاق الناصرية) به اسم وزیرشان، ناصرالدین، حاکم منطقه جبل نوشت. ناصرالدین از خبیث‌ترین مردان علاءالدین محمد بن جلال حسن، پادشاه اسماعیلیه بود[١٣٩].
امام ابن قیم می‌گوید: «وقتی که نوبت به نصیر و یاری دهنده شرک و کفر یعنی وزیر محلد، نصیرالدین طوسی رسید، او وزیر هلاکو بود. او با قتل عام پیروان پیامبر ج و اهل اسلام، قلب خود و برادران ملحدش را خشنود نمود و دلش خنک شد. سپس خلیفه و قاضیان و فقها و محدثین را به قتل رساند و فلاسفه و پیشگویان و ساحران را باقی گذاشت. او همچنین اوقافِ مدارس و مساجد و امور مربوطه را خاص خود و دوستانش قرار داد و در کتاب‌هایش تفکرِ قدیم بودن جهان [یعنی اینکه جهان بوجود نیامده بلکه همواره وجود داشته است] و بطلان معاد را ترویج داد و صفات الله تعالی از جمله علم و قدرت و حیات و شنیدن و دیدنش را انکار کرد و گفت که خداوند، نه در داخل جهان و در خارج جهان وجود ندارد و بالای عرش، خدایی نیست که عبادت شود.
او مدارسی را برای ملحدین قرار داد و خواست که آرا و نظرات اِمام الملحدین، ابن سینا را به جای قرآن قرار دهد اما نتوانست و به همین خاطر گفت: آن کتاب (کتاب ابن سینا) قرآن خواص است و این قرآن، قرآنِ عوام است و خواست که نماز را تغییر دهد و آن را به دو نماز تبدیل کند، اما این کار را نتوانست انجام دهد و به یادگیری سحر روی آورد و به ساحری که مخلوق را عبادت می‌کرد، تبدیل گشت».
محمد شهرستانی درکتابی به نام «المصارعة» اقوال ابن سینا را باطل نموده و سخنانش را درباره‌ی قدیم بودن عالَم و انکار معاد و نفی علم و قدرت پروردگار متعال و خلقت عالم، تباه گردانید. سپس نصیرالالحاد (نصیرالدین طوسی) در کتابی به نام «الـمصارعة الـمصارعة» کلام شهرستانی را رد نموده و آن را نقض کرده و نوشت که خداوند، آسمان‌ها و زمین را در شش روز خلق نکرده و او چیزی نمی‌داند و با قدرت و اختیارش چیزی را انجام نمی‌دهد و کسی را از قبرها بر نمی‌انگیزاند.
در کل این ملحد و پیروانش از جمله‌ی کفـرکنندگان به خداوند ﻷ و ملائکه‌اش و کتاب‌هایش و پیامبرانش و روز آخرت بوده‌اند»[١٤٠].
خمینی فعالیت‌های طوسی را در دوره‌ی وزارتش، به خاطر انهدام خلافت اسلامی تأیید می‌کند[١٤١].
[١٣٨]- «حکومت اسلامی» ص١٢٨.
[١٣٩]- «حاشیة المنتقی» اثر محب الدین خطیب، ص٢٠. و مراجعه کنید به «البدایة و النهایة» ج٣، ص٢٠٠ تا ٢٦٦، چاپ ١٩٦٦.
[١٤٠]- «إغاثة الهفان» ج٢،ص٢٦٣.
[١٤١]- تأیید کردن طوسی توسط خمینی و ستایشش نسبت به او را در فصل قبل ذکر کردیم و این موضوع دوباره در اینجا تکرار شد، چرا که این بررسی کامل‌تر و جامع‌تر از قبلی است.