سبب تحول فکری علامه هدایت او بسوی حق
شکی نیست که علامه برقعی در اوایل حیات علمی‌‌خویش عقیدتاً شیعه «اثنا عشری» بوده و از علمای بزرگ، مخلص، صادق، داعی به اعتصام قرآن کریم و مخالف بدعات و خرافات در بین عامه‌ی مردم شیعه و عقاید منحرف و گمراه کن بوده است و از اقوال شیعیان غالی و صوفیان مبتدع که مخالف قرآن کریم بوده علامه شدیداً با آنان محاربه و مبارزه داشته و با درگیری شدید از طرف مروجین این بدعات و علمای درباری و پیروان متعصبشان که از آن‌ها دفاع می‌کردند با مشکلات رو برو شد ولی علامه بیشتر با تدبر و تعمق در قرآن کریم آن‌ها را دفع می‌کند.
چنان‌که خود علامه در بعضی از نوشته هایش می‌گوید از اینکه مشاغل گرفتاری‌ها و رجوع کنندگان من کم بود بیشتر فایده بردم و موفق شدم تا بیشتر مطالعه و تدبر و تعمق در قرآن کریم نمایم، این سبب شد تا به این امر خطیر پی برم که مشایخ و علمای ما غرق در اوهام و خرافات‌اند، و خیلی از تعالیم قرآن بی‌بهره و از عقاید و افکار اصیل اسلامی دور اند، به این نتیجه رسیدم که علمای دین و اتباعشان عامة الناس دین حق را تبدیل کرده‌اند و از حقیقت اسلام دورند و بنام خرافات و مذهب بر اسلام حکمرانی می‌کنند.
بعد از این علامه برقعی به تالیف رسائل و کتب می‌‌پردازد تا شرکیات و کفریات شیعه‌ی صوفیه‌ی غالی را کشف کند و کتابی به نام «تفتیش» می‌‌نویسد و کتاب دیگری به نام «حقیقت عرفان»، ولی بعد از این تالیفش بسیاری از صوفیان و مریدانشان مطلع می‌شوند و علامه را تهدید به قتل می‌کنند، علامه جواب می‌دهد که خدا بهترین حافظ است، کسی که او را به مرگ تهدید می‌کند می‌گوید به زودی بر تو بدست همین علمای دین قضاوت خواهیم کرد علامه جوابی دیگر ندارد به جز این که: بگوید: افعلوا ما بدالکم ... کتاب دیگری تالیف می‌کند به نام: کتاب «عقل و دین» بر رد فلسفه و مشایخی که اسلام را به تصورات فلسفی بشری باطل تفسیر کرده‌اند که در حقیقت از تعالیم قرآن دورند، و آنان شدیداً عداوات و دشمنی شان را علیه علامه شروع کردند.
و نیز کتاب دیگری می‌‌نویسد به نام: «فهرست عقاید باطله‌ی شیخیه» که اباطیل فرقه‌ی شیخیه را افشا می‌کند، ولی کسانی که تامین معیشتشان از طریق خرافات به نام دین بوده آن‌ها چطور حاضرند مردم را از این خرافات نجات دهند.
کتاب دیگری به نام «درسی در ولایت» می‌‌نویسد؛ علامه می‌گوید این کتاب ما سبب اتحاد مخالفین ما گشت. گر چه این کتاب کوچکی بود، ولی نقاب از چهره‌ی تمام شرکیات شیعه‌ی شیخیه و صوفیه و شیعه‌ی غلات و دیگرانشان که مخالف صریح قرآن کریم‌اند برداشت.
مسلماً با بیان این حقایق تلخ سبب عداوت شیوخ شیعه شد که از راه دین از مردم جاهل امرار معاش می‌کردند تا جایی که ما را از نواصب، ضد حضرت علیسو ضد اهل بیت قرار دادند و به ما تهمت زدند، وقتی دیدند که از تهمت و افتراء چیزی بر ما اثر نمی‌کند به دولت توسل جستند تا از طریق رژیم ما را توقیف کنند که موفق نشدند.
آقای سید خسرو شاهی وقتی از این طریق هم مأیوس شد پیش مراجع تقلید رفت و با تعاونشان کتاب عریض و طویلی نوشت و با امضای ششصد (۶۰۰) شیخ خرافی از ائمه‌ی مساجد و واعظین دروغگوی که شیخ سید ابو الفضل برقعی یهودی است که برای تخریب اسلام کار می‌کند و با تعاون پلیس بر ما هجوم آوردند و عده‌ای از دوستان و همفکران ما را گرفتند و ما را به زندان بردند و بعد از مدتی از ما تعهد گرفته و ما را رها کردند که امر خود را به خدا مفوض کردیم.
(إنه هو العزیز الحکیم)