قضیه دوم: پیامدهای ناگوار انقلاب ولایت فقیه بر اندیشه‌ی شیعیان:
دکتر موسوی می‌گوید: هم اکنون و در زمان نوشتن این سطور، در سرزمین شیعه نشین ایران، و پس از اینکه مردم این سرزمین از دست ولایت فقیه بدبختی های بسیاری کشیده اند، می بینیم که در مقابل مذهب و همه امور ناشی از سلطه فقها و مرجعیت مذهبی واکنشی بسیار عنیف و سخت بوجود می آید که این بدبختی ها به نوبه خود مردم ایران را به خروج دسته جمعی از اسلام تهدید می کند.
و به همین علت است که من مخلصانه از خداوند مسئلت می کنم که رساله تصحیحی من قبل از اینکه دیر شود، و دیگر نوشدار و را فایده ای نباشد، بدست مردم ایران رسیده تا بدانند که راه رهایی در از بین بردن و انکار کردن نیست، بلکه در ساختن و اصلاح خلاصه می شود.(شیعه و تصحیح)
ایشان تاکید می‌روزد که این نظریه بخاطر سوء استفاده فقها از سلطه‌ی ولایت فقیه، باعث فراری دادن خیلی‌ها از اسلام گردید.
و این امر ملموسی است که جمع زیادی از جوانان تحصیل کرده‌ی ایرانی خرافات مذهبی و ضد عقلی را به حساب دین می‌گذارند و از دین بیزار شده به آغوش بی‌دینی و سکولاریسم پناه می‌برند و این پدیده تا حد زیادی با آنچه در غرب بخاطر آلوده شدن باورهای دینی با خرافات و فرار مردم از دین اتفاق افتاد،شبهات دارد که سرانجام، مردم با فرار از هرچه دین است به قوانینی که به جدایی دین از دولت، امر می‌کند رو بیاورند.
و این روند ـ فرار از دین ـ همچنان در جامعه ایرانی روبه افزایش است.
چنانکه پژوهشگر شیعی؛ احمد کاتب بر اساس آمار رسمی موسسه‌ای در تهران نوشته است که حدود هشتاد دردصد ۸۰% از ایرانیان، نماز نمی‌خوانند.
و این با توجه به جدید بودن نظریه ولایت فقیه و تبلیغات گسترده‌ی ایران مبنی بر اینکه ملت ایران از استقلال و آزادی بهرمند شده است، آمار بزرگی است.
باید گفت این دولت توانسته در جنبه سیاسی تغییراتی ایجاد نماید ولی هنوز برای تغییر در جنبه‌ی اعتقادی که بمراتب از جنبه‌ی سیاسی مهم‌تر می‌باشد، گامی برنداشته است.
آنچه ما در انتظارش هستیم و امیدواریم اتفاق بیفتد اینکه ایران و شیعه جهت جلب حمایت‌های داخلی و خارجی و جلوگیری از درگیری ها و ایجاد وحدتی بی‌نظیر در سایه قرآن و سنت، دامنه‌ی تغییر و اصلاحات و تصحیح را گسترش دهد.