مذاهب حاکم
در این دوره مذاهب اهل سنت کمال قدرت و رواج را در ایران داشت زیرا مذاهب دولت‌های غالب و امرای زمان بوده است. از مذاهب مختلف اهل سنت که در قرن چهارم پاره‌ای از آنها رو به ضعف [۷۷]و بعضی رو به توسعه رواج یافت، در این دوره مجموعاً چهار مذهب اصلی و مهم مالکی و حنفی و شافعی و حنبلی در ممالک اسلامی پذیرفته شده بود. در ایران دو مذهب شافعی و حنفی بیش از همۀ مذاهب دیگر اهل سنت و بیشتر از تمام مذاهب اسلامی رواج داشت. مهم‌ترین مراکز رواج این دو مذهب، مشرق زمین بود که به قول نظام الملک مسلمانان پاکیزه و همه، شافعی یا حنفی بوده‌اند [۷۸]. لیکن در عراق و طبرستان، شیعی مذهبان بسیار در مراکز مختلف مانند قم و ری (طهران) و آوه (ساوه) به سر می‌برده‌اند. دو مذهب حنفی و شافعی، مذهب حاکم عصر بود. سلاطین سلجوقی بر مذهب امام ابوحنیفه بوده و وزرای خود را از میان حنفیان و شافعیان برمی‌گزیده‌اند. از دو وزیر معروف سلاجقه که در آغاز سلطنتشان به وزارت ارتقا جستند، عمیدالملک ابونصر الکُندری (مقتول به سال ۴۵۶) بر مذهب حنفی و در عقیده خود بسیار متعصب بود لیکن بعداً از تعصب دست برداشت و نسبت به حنفیان و شافعیان به یک چشم نگریست.
نظام الملک قوام الدین خواجۀ بزرگ، ابوعلی حسن بن علی بن اسحق ملقب به «رضی امیرالمؤمنین»، وزیر سلاجقه بر مذهب شافعی و مردی پاک اعتقاد بوده است. «وقتی بر دلش گذشت که محضری [۷۹]نویسد در کیفیت زندگانی او با بندگان خدای و همه علما و بزرگان دین، گواهی خود بر آن محضر نویسند و آن محضر با او در خاک نهند. هر چند که این صورت، کسی نکرده است و در شریعت مطهره، مسطور و مذکور نیست اما به نیکو اعتقادی خواجه، این محضر نوشتند و هرکس از بزرگان دین شهادت خود بر آن محضر ثبت کردند و امام ابواسحق فیروزآبادی صاحب تنبیه با آنکه مدرس نظامیه بود و منظور نظر احسان و انعام خواجه، چون آن محضر، به خدمتش بردند بر آنها نوشت که حسن خیرالظلمه [۸۰]. چون محضر، پیش خواجه بردند و خطاّ ابواسحق بدید بگریست و گفت هیچکس از این بزرگان راست چنین ننوشته که او نوشت. و بعد از وفات خواجه، در خواب دیدند که خواجه گفتی که حق تعالی بر من بخشید و رحمت کرد به سبب این سخن راست که خواجه ابواسحق نوشت» [۸۱].
اگر این روایت درست باشد دلیل اعتقاد بسیار ساده و ابتدایی خواجه درباره مسایل دینی است و به هر حال این روایت نشانه بارزی از اعتقادات مردم آن زمان می‌تواند بود.
درجه تعصب خواجه نظام الملک از این روایت هندوشاه به خوبی معلوم می‌شود. وی گفته است که: «خواجه مذهب امام اعظم شافعی داشت و سلطان ملکشاه در اصفهان مدرسه‌ای بنا کرد در محله کرّان، چون خواستند که بنویسند که در این مدرسه کدام طایفه باشند از سلطان بپرسیدند، گفت اگرچه من حنفی مذهبم اما این چیز از برای خدای‌تعالی ساخته‌ام. قومی را محفوظ و مخصوص کردن و طایفه‌ای را ممنوع و محروم داشتن وجهی ندارد، بنویسند که اصحاب هردو امام در این مدرسه ثابت باشند علی‌التساوی و التعادل، و چون سلطان مذهب امام ابوحنیفه داشت خواستند که نام امام ابوحنیفه پیش از امام شافعی نویسند، خواجه نگذشت و مدتی آن کتاب موقوف ماند و سلطان فرمود تا خواجه را رضا نباشد هیچ ننویسند. عاقبت قرار بر آن گرفت که بنویسند: «وقف علی أصحاب الإمامین, امامی صدری الإسلام». «بر یاران دو پیشوای امام و دو صدر اسلام وقف گردید». اما خواجه، مدارسی را که خود ساخته و نظامیه نامیده بود همه جا وقف بر اصحاب امام شافعی کرد.
پادشاهان زمان خصوصاً سلاطین سلجوقی نیز با سیاست مذهبی خاصی که اتخاذ کرده بودند، نسبت به مذاهب اهل سنت تعصب می‌ورزیده‌اند و با شیعه و باطنیه (اسماعیلیه) اظهار عناد فراوان می‌کرده‌اند و ائمۀ شافعی و حنفی و اشعری همه، مصدر کارهای بزرگ و مورد اقبال و توجه پادشاهان و وزیران این عهد بوده‌اند [۸۲].
[۷۷] مانند مذاهب داود ظاهری، سفیان ثوری و محمدبن جریر طبری که به کلی از بین رفتند. [۷۸] سیاست‌نامه خواجه نظام الملک، ۷۷. [۷۹] محضر: گواهینامه، آنچه را که گروهی بنویسند و امضاء کنند. [۸۰] حسن بهترین ستمکاران است. [۸۱] تجارت السلف هندوشاه، ۲۷۷. [۸۲] تاریخ ادبیات در ایران، جلد دوم، دکتر ذبیح الله صفا، ۱۴۱.